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Jia XU Jiu-kun JIANG Xiao-lin LI Xiao-peng YU Ying-ge XU Yuan-qiang LU 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2020,21(4):291-304
目的:应用全转录组芯片研究缺氧/复氧诱导下人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的转录组轮廓。创新点:血管内皮细胞(VEC)缺氧/复氧损伤被视定为许多生理和病理过程中导致器官功能障碍的重要驱动因素。然而,其详细病理生理机制和基因表达谱信息尚未阐明。本研究首次应用全转录组芯片技术研究VEC缺氧/复氧诱导下的转录组轮廓。方法:采用缺氧孵育3h后复氧1h的HUVEC为缺氧/复氧组,同时常氧孵育的HUVEC为常氧对照组。应用含58 339条探针的全转录组芯片检测每组三个样本。对差异表达基因进行生信分析和功能验证。结论:本研究发现372个有意义的差异表达基因探针。相关基因涵盖多种途径和功能,例如氧自由基的产生、钙超载、炎症、糖脂代谢、内皮细胞增殖、分化、细胞骨架及通透性调节、细胞裂解、凋亡和血管生成。另外,实验进一步表明,差异表达基因pleckstrin同源样域家族A成员1(PHLDA1)的m RNA和蛋白质表达结果与微阵列结果一致。STRING分析发现,PHLDA1可能与差异表达基因SLC38A3、SLC5A5、Lnc-SLC36A4-1和Lnc-PLEKHJ1-1具有物理性和/或功能性相互作用,这有望揭示VEC在缺氧/复氧环境下长链非编码RNA(lnc RNA)的相关机制。 相似文献
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Ji ZHU Lin-wen-si ZHU Jin-huan YANG Ying-ling XU Cui WANG Zhuo-yu LI Wei MAO De-zhao LU 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2018,(6)
目的:应用双向电泳及质谱技术分析对人脐静脉内皮细胞(HUVEC)蛋白质组的影响,探讨引起心血管毒性的潜在机制。创新点:多项流行病学调查表明,与人类心血管疾病有密切关系,而血管内皮细胞是血管的第一道防线。本项目应用蛋白质组技术研究对血管内皮细胞损伤的作用,并从DNA损伤的角度探讨了心血管毒性机制,具有较好的创新性。研究结果可为的危害分析提供基础数据,同时为的防治提供新的依据及思路。方法:培养HUVEC细胞,分为正常组(正常培养的HUVEC细胞)、处理组(50、100μg/mlPM_(2.5)处理HUVEC细胞24h)。双向电泳技术建立各组细胞蛋白质组图谱,质谱技术鉴定差异表达的蛋白质,流式细胞术分析细胞凋亡情况,酶联免疫吸附法(ELISA)检测DNA损伤产物8-OHd G的水平,荧光标记技术分析DNA双链断裂的形成,并用免疫印迹法(Western blotting)检测DNA损伤相关蛋白的表达。结论:经处理HUVEC后,31个蛋白表达发生了显著性的变化(图2,表1),其中8个蛋白质参与了DNA的损伤与RNA的编缉,7个蛋白质与细胞凋亡有关(表2)。进一步实验表明:能够促细胞凋亡(图5),提高DNA损伤产物8-OHdG的含量(图6),促进DNA双链断裂位点的形成(图7),调节损伤修复相关蛋白(Mer11A、Rad50和Rad51)的表达(图8),抑制超氧化物歧化酶(SOD)的活性,增加HUVEC细胞内活性氧(ROS)和丙二醛(MDA)的水平(图9)。综上所述,能够通过调节一系列蛋白的表达,加重HUVEC细胞氧化应激水平,增加DNA损伤,促进细胞凋亡,造成内皮细胞损伤,从而导致心脑血管事件的发生。 相似文献
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1 DNA探针的概念
DNA探针是一段带有检测标记（如放射性同位素、荧光分子等）且顺序已知的与目的基因互补的核酸序列（DNA或RNA）,长度在几百碱基对以上。它包括整个基因或基因的一部分;可以是DNA本身,或由之转录而来的RNA。现已获得的DNA探针数量很多,有细菌、病毒、真菌、动物和人类细胞DNA探针。 相似文献
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目的:阐明油茶皂苷(SQS)所产生心肌保护作用与AE3蛋白的基因表达关系,方法:采用RNA i技术,在心肌细胞水平上建立AE3蛋白低表达、同时建立缺氧/复氧损伤(A/R)模型及SQS预适应模型;通过测定,心肌细胞的博动频律、细胞生存率以及细胞培养液中LDH的变化;同时检测心肌细胞中AE3 mRNA、AE3蛋白的表达变化,结果:SQS预处理能明显提高A/R损伤后细胞存活率,减少LDH的漏出,AE3 mRNA、AE3蛋白表达明显上调,与A/R组相比均有显著性差异(均p<0.01);结论:在心肌细胞中转导入三段有AE3基因序列特异性的dsRNA后,可引起AE3 mRNA及蛋白低表达,同时取消SQS预处理的心肌保护作用.为其进一步的新药开发提供理论与实验依据. 相似文献
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缺氧诱导因子-1研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)是1992年Semenza和Wang[1]首先发现的,随后确立了HIF-1的结构,并证明了其cDNA的编码顺序.HIF-1普遍存在于人和哺乳动物细胞内,常氧下(21%O2)也有表达,但合成的HIF-1蛋白很快即被细胞内氧依赖性泛素蛋白酶降解途径所降解,只有在缺氧条件下HIF-1才可稳定表达[2].HIF-1是具有转录活性的核蛋白,具有相当广泛的靶基因谱,其中包括与缺氧适应、炎症发展及肿瘤生长等相关的近100种靶基因[3,4].当其与靶基因结合后,通过转录和转录后调控使机体产生一系列反应,有些反应尽管带有适应代偿性质,但也常给机体带来病理性损害,如低氧性肺动脉高压(hypoxic pulmonary hypertension,HPH)、肿瘤加速生长等. 相似文献
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1基因沉默基因沉默是生物体内特定基因由于种种原因不表达或表达量极低的遗传现象。一般认为基因沉默有三种情况:位置效应的基因沉默、转录水平的基因沉默和转录后水平的基因沉默。RNA干扰(RNA interference,RNA i)是正常生物体内抑制特定基因表达的一种现象,它是指当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA(double stranded RNA,dsRNA)时,该mR-NA发生降解而导致基因表达沉默的现象,这种现象发生在转录后水平,又称为转录后基因沉默。题1 2006年诺贝尔生理学奖授予美国科学家安德鲁·法尔和克雷格·梅洛,以表彰他们发现了RNA… 相似文献
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《学周刊C版》2017,(16):25-26
目的:观察探讨C35在肝癌中的表达与靶向干预,为临床治疗提供依据。方法:设计两对C35编码区的si RNA并合成,构建到转录载体p TZU6+1上,形成重组质粒siRNA-C35,在脂质体介导下转染肝癌细胞株,RT-PCR分析RNA干扰后mRNA的变化,Western blot检测表达蛋白的变化。结果:扩增的目的基因条带亮度存在明显差异,与对照组相比,转染质粒pTZU6+1相对表达率为95.3%、siRNA1组相对表达率为40.0%,siRNA2组的相对表达率为28.4%。构建的重组质粒对C35mRNA的表达有抑制作用。只转染脂质体组和pTZU6+1的C35蛋白杂交带强于siRNA1和siRNA2,证实重组质粒可以抑制C35基因的表达,以对照组的蛋白带为标准,其图像分析可知,转染质粒pTZU6+1相对表达率为94.9%、siRNA1组相对表达率为29.6%,siRNA2组的相对表达率为32.2%。结论:通过设计C35基因敲除的si RNA可有效抑制C35基因的表达,肝癌细胞生长速度及侵袭性均发生改变,但C35基因在肝癌细胞株中及肝癌组织中低表达,不可作为肝癌的靶点干预基因。 相似文献
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为了研究血管内皮生长因子VEGF-A对肾脏促红细胞生成素EPO的表达调控以及相关基因和通路的影响,我们利用VEGF可逆抑制小鼠模型,将小鼠模型分为VEGF-A正常组(dox+)和VEGF-A抑制组(dox-)(n=8)。取小鼠肾脏组织提取总RNA,qPCR检测VEGF-A以及部分相关基因的mRNA表达量,进行转录组测序,通过FPKM和log2(FC)一值筛选差异基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果发现,dox-组较dox+组VEGF-AmRNA水平明显降低;两组小鼠转录组测序数据分析发现共有1 282个差异基因,其中上调基因803个,下调基因479个;通过对差异基因进行GO和KEGG富集分析发现,差异基因主要参与T细胞活化、脂肪细胞分化产热等,主要定位在细胞外基质以及质膜外侧等位置,且富集于PI3K-AKT信号通路。因此我们得出结论,抑制小鼠VEGF-A的表达可以促进EPO表达上调,从而影响PI3K-AKT信号通路相关基因水平表达。 相似文献
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《莆田学院学报》2016,(2):10-14
探讨参附汤对阿霉素心脏毒性损伤大鼠细胞凋亡相关基因转录水平的影响。采用实时荧光定量PCR法测定大鼠心肌组织Bax、Bcl-2和Caspase-3 m RNA的转录水平。结果表明,阿霉素心脏毒性损伤模型大鼠与对照组相比,Bax和Caspase-3 m RNA的转录水平均提高,而Bcl-2 m RNA的转录水平降低,差异有统计学意义(P<0.05)。参附汤组与模型组相比,Bax和Caspase-3 m RNA的转录水平均降低,而Bcl-2 m RNA的转录水平提高,差异有统计学意义(P<0.05)。阿霉素心脏毒性损伤与心肌细胞凋亡有关,参附汤通过调节细胞凋亡相关基因表达水平来改善心肌毒性损伤,达到保护心肌的功能。 相似文献
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用体外转录的方法制备得地高辛标记的cRNA探针,并以此对大肠癌组织及同一病人的正常粘膜进行SNC66基因表达的cRNA/mRNA原位杂交配对研究。结果表明,SNC66基因的表达细胞主要是上皮细胞和淋巴细胞;其在大肠癌中存在明显的表达缺陷。SNC66基因可作为候选抑癌基因加以研究、利用。 相似文献
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探讨CTLA-4基因多态性与肺结核易感相关性,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）分析病例组和对照组中CTLA4基因功能性多态位点（＋49A/G、-1661A/G、-1772T/C）;研究结果显示CTLA-4能下调免疫应答,抑制T淋巴细胞活化;CLTA-4具有基因多态性,影响mRNA转录的稳定性;CTLA-4基因的功能和表达对由T细胞介导的肺结核免疫有重要影响;揭示了结核病易感相关性的分子基础,找到有效控制肺结核的方法。 相似文献
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为在基因转录水平了解PAS结构域转录因子家族基因及它们的下游基因在肝再生（1iverregeneration,LR）中作用．本文用Rat Genome230 2．0芯片检测上述基因在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实25个基因与肝再生相关,它们在促进再生肝细胞分化及异源物、糖、脂代谢,促进肝再生早期的免疫反应和后期的血管发生中发挥作用。 相似文献
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真核细胞基因表达的调控是多级调控系统 ,主要发生在三个彼此相对独立的水平上 :(1)转录水平的调控 ,决定某个基因是否会被转录 ,并决定转录的频率。(2 )加工水平的调控 ,决定初始mRNA(hnRNA)被加工为能翻译成多肽的信使RNA(mRNA)的途径。(3)翻译水平的调控 ,决定某种mRNA是否会真正得到翻译 ,如果能得到翻译 ,还决定翻译的频率和时间的长短。近年来发现的RNA编辑和RNA干扰 ,不仅使人们对生物在长期进化过程中形成的遗传信息表达机制感到惊奇 ,也进一步加深了人们对基因表达多级调控复杂性的认识。1 RNA编辑RNA编辑发生在转录后… 相似文献
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目的:鉴定与心血管疾病相关的核因子κB(NF-κB)调控的基因和小RNA(micro RNA),探讨疾病发生发展的机制。创新点:构建心血管疾病相关的NF-κB调控网络。方法:基于NF-κB转录活性差异的小鼠原代血管内皮细胞模型,采用基因芯片(Genechip)检测NF-κB调控的基因和microRNA。再通过实时荧光定量聚合酶链反应(q RT-PCR)和生物信息学方法进行差异基因和microRNA的筛选、验证、功能注释,从而发现与心血管疾病相关的NF-κB调控的基因和microRNA。结论:在肿瘤坏死因子α(TNFα)处理的小鼠原代血管内皮细胞中:NF-κB调控77个基因,其中45个基因上调,32个基因下调。NF-κB还在TNFα处理的He La细胞中调控其中10个基因。通过q RT-PCR验证了NF-κB上调Egr1、Tnf和Btg2的表达。基因功能注释表明,许多NF-κB调节的基因聚类到经典的NF-κB参与的生物学过程。在TNFα处理的小鼠原代血管内皮细胞中还发现:NF-κB调控26个microRNA,其中21个上调,5个下调。进一步研究发现,7个NF-κB调控的microRNA还可能调控9个NF-κB调控的基因。最后通过检索数据库发现,5个NF-κB调控的基因和12个NF-κB调控的microRNA与心血管疾病相关。因此,本研究提升了对心血管疾病进展分子机制的理解。 相似文献
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目的:研究CBR1基因启动子在猪子宫内膜细胞的表达调控机制。创新点:发现CBR1基因启动子在猪子宫内膜受到炎性因子核转录因子kappa B(NF-κB)成员p65调控。p65对该启动子具有正向调节作用,但是对于CBR1基因的表达并不是必需的。方法:通过双荧光素酶报告基因载体确定CBR1基因启动子转录活性区,通过染色质免疫沉淀(Ch IP)技术确定p65能够结合CBR1基因启动子,通过超表达和干扰表达实验证实p65对CBR1基因启动子的调控作用。结论:猪CBR1基因启动子-1640/-647区对于其转录活性是必需的,在-1545/-1531区存在p65的结合位点。p65在猪子宫内膜细胞中促进了CBR1基因mRNA的表达,但是干扰p65则不会造成CBR1基因mRNA表达量下降,推断p65不是CBR1基因表达的必需因素。 相似文献
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通过探讨强、弱势粒结实率和充实度与mRNA/总RNA的关系,分析水稻强势粒和弱势粒结实率和充实度差异的机理,旨在提高水稻结实率和充实度.结果发现：弱势粒中总RNA含量和单粒含量与强势粒差异不大,mRNA、蛋白质含量和单粒含量以及mRNA与总RNA之比低于强势粒.mRNA/总RNA与强弱势粒结实率和充实度一致,mRNA/总RNA低是弱势粒结实率和充实度低的原因.因为mRNA/总RNA排除了籽粒灌浆的稀释作用,反映了水稻籽粒灌浆过程中基因转录活性的高低,与籽粒灌浆趋势一致,所以将其作为库活性的指标是适宜的. 相似文献
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Sheng-xin CHANG Chu PU Rong-zhan GUAN Min PU Zhi-gang XU 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2018,(8)
目的:研究不同比例红蓝光下苗期油菜表型、转录和蛋白水平的差异。创新点:利用转录组和蛋白组技术对不同红蓝光质下油菜叶片的分子表达进行检测,并探讨了其与叶片表型响应的关系。方法:采用数字基因表达谱和双向电泳技术检测红蓝光处理后油菜叶片的基因和蛋白表达水平,并分析处理间的差异。结论:不同比例红蓝光下,油菜叶片转录组和蛋白组呈系统性变化。高比例红光诱发叶片表皮发育和解剖结构形态建成相关基因的表达,它们可能与高比红光诱发的遮阴应答相关。高比蓝光促进叶绿体相关基因的表达,它们可能与高比蓝光下阳生型叶绿体的形成相关。红蓝单色光诱发胁迫应答相关蛋白的表达,而红蓝复合光促进碳氮代谢和次生代谢相关蛋白的表达。 相似文献