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目的:研究与丙型肝炎病毒(HCV)基因RNA序列同源的人染色体外环状DNA(eccDNA)序列.创新点:首次从HCV阴性者eccDNA中检测到HCV 5’-非编码区(5’-NCR)基因组RNA序列,验证了我们的假设: HCV同源DNA序列存在于人的外周血单核细胞的eccDNA组分中.方法:用分离的eccDNA进行HCV特异的聚合酶链反应(PCR),采用核苷酸序列同源性搜索分析软件(BLASTn)对测序结果进行比对分析,并检测其甲基化模式.结论:实验结果证实了我们的假设:即部分HCV 5’-NCR基因组RNA序列存在于外周血单核细胞的eccDNA组分.同时,甲基化分析结果显示了个体间的甲基化模式所代表的受遗传调控的表观遗传特征. 相似文献
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目的:探究大口黑鲈弹状病毒株与其他已知弹状病毒的差异,构建该病毒糖蛋白的杆状病毒表达系统,用于后续口服疫苗的研发。创新点:基于获得的大口黑鲈弹状病毒的全基因组序列,并利用杆状病毒表达系统获得了高丰度的病毒糖蛋白,可结合家蚕用于后续口服疫苗的研发。方法:利用c DNA末端快速扩增法(RACE)及逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)等技术获得了病毒的部分序列,拼接获得了病毒的全基因组序列。通过ClustalW比较该病毒与已知弹状病毒的3'leader及5'trailer序列差异,进一步利用MEGA软件比较该病毒全基因组序列与其他鱼类弹状病毒的差异,确定其系统进化树中的分支及地位。基于糖蛋白序列分析结果,利用杆状病毒表达载体构建该病毒的糖蛋白表达系统,感染昆虫卵巢细胞(SF9)后,借助荧光定量PCR(q RT-PCR)、免疫荧光及蛋白质印迹法(western blot)等技术确定病毒增殖及糖蛋白的表达情况。结论:该大口黑鲈弹状病毒株全长11 526 bp,且与鳜鱼弹状病毒为同一分支,属于水泡病毒属。构建的病毒糖蛋白杆状病毒表达系统成功在SF9细胞中表达了高丰度的糖蛋白。 相似文献
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线粒体基因是动物起源进化及群体遗传分析的理想研究对象,其中的12S和16SrRNA这两个保守序列研究比较广泛。本文以花臭蛙(Odorrana schmackeri)为实验材料,采用TIANamp Genomic DNA Kit血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒提取花臭蛙肌肉组织基因组DNA,并利用聚合酶链式反应(PCR)技术进行扩增得到线粒体上12S和16SrRNA的保守片段,采用琼脂糖凝胶电泳技术对扩增产物进行检测,最后对两段基因序列进行测定并进一步分析,分别得到347bp和380bp的碱基序列。 相似文献
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为建立快速诊断小鹅瘟的PCR方法,根据已发表的GPV主要结构蛋白VP3基因序列,经多序列比对和Oligo6．0软件分析设计特异性PCR引物。以微量法提取病鹅肝组织DNA,优化PCR反应引物退火温度、循环次数和鉴定其特异性,并与酚氯仿法和煮沸法进行同步对比研究。结果显示,建立的PCR检测方法能够特异性检测病鹅肝组织中GPV的核酸,其扩增片段大小为343bp,最佳退火温度为58℃,最佳循环次数为35次。微量法提取的病毒核酸PCR检测灵敏度分别是酚氯仿法的50倍和煮沸法的2500倍。该PCR检测方法不与鹅副黏病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、鸭瘟病毒以及健康鹅肝组织发生交叉反应。本研究建立的GPVPCR检测方法能够快速诊断小鹅瘟。 相似文献
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目的:扩增浙江地区基因3型戊型肝炎病毒全基因组序列,分析其分子特征及与国内外3型戊型肝炎病毒进行比较。创新点:首次分析报道浙江地区基因3型猪戊型肝炎病毒全序列。方法:利用套式PCR和末端快速扩增法对分离自浙江地区的戊型肝炎病毒进行分段扩增,经克隆测序后拼接全基因组。进一步利用生物信息学方法对基因组结构、开放阅读框及其基因型等进行分析,并与国内外戊型肝炎毒株进行比较分析。结论:浙江株戊型肝炎病毒(Zh J-PJ050-3)基因组由7223个核苷酸组成,其中3'非编码区含有23个碱基的poly(A)尾。全基因组包含ORF1、ORF2和ORF3三个主要基因,长度分别为5109、1983和342 bp。进化分析显示,ZhJ-PJ050-3为基因3型,与国内唯一报道的上海株3型毒株以及多数日本毒株共属3b亚型。与国内外戊型肝炎序列比对发现,ZhJ-PJ050-3基因组共有24个特有的点突变,且在ORF1中含有一个亮氨酸缺失。这些分子特征将为下一步的研究提供方向。 相似文献
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灰斑古毒蛾核型多角体病毒几丁质酶基因及其分子进化 总被引：5，自引：0，他引：5
通过对构建的灰斑古毒蛾Orgyia ericae单粒包埋型核型多角体病毒(OrerSNPV)基因组DNA的EcoRI酶切片段质粒文库的测序分析,在EcoRI—J片段(6．4kb)中鉴定出了编码几丁质酶(ChiA)基因开放阅读框(ORF),chiA基因编码区由1695bp组成,编码564个氨基酸,预计蛋白质分子量为62kD。这也是首次在基因序列水平上研究OrerSNPV。将OrerSNPV ChiA氨基酸序列与其它已知的18种杆状病毒ChiA氨基酸序列联配比较,结果表明OrerSNPV与其它杆状病毒ChiA氨基酸有60．3—69．5％同源性,其中与BmNPV、CfDEFNPV和LdMNPV的同源性最高。根据氨基酸序列绘制的分子进化树表明杆状病毒chiA基因至少可以分为SlMNPV、GV和其它NPV三个分支,OrerSNPV与LdMNPV在进化树上关系最为接近。 相似文献
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采集20例南阳牛的血液,采用酚/氯仿法分离白细胞提取基因组DNA,并且对ANGPTL4基因部分序列(677～998 bp)PCR扩增条件进行了优化。结果表明,获得的牛基因组DNA经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测,主条带清晰,表明获得的南阳牛基因组DNA可以用于后续实验;以所提取的基因组DNA为模板,优化ANGPTL4基因片段扩增的条件,结果表明,最理想的PCR扩增条件是模板量为2μL(50 mg/L),Taq聚合酶(5 u/μL)的量为0.8μL,退火温度为56℃,循环次数为35次。 相似文献
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《安徽科技学院学报》2020,(1)
目的:确定安徽及周边地区规模化山羊场阿氏艾美尔球虫感染情况。方法:从安徽及周边地区规模化羊场共采集781份山羊新鲜粪便样品,提取所有样品基因组DNA,利用阿氏艾美尔球虫ITS-1特异巢式PCR对所有样品进行检测,对阳性产物进行测序和序列分析,确定安徽及周边地区山羊阿氏艾美尔球虫感染情况。结果:安徽及周边地区山羊阿氏艾美尔球虫感染率为6.91%(54/781)。除六安外,其余采样点均发现有阿氏艾美尔球虫感染。序列分析及进化树构建显示所有的阳性样本均为阿氏艾美尔球虫。结论:尽管安徽及周边地区山羊阿氏艾美尔球虫感染率不高,但仍应引起重视。 相似文献
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达尔文的进化论,作为个体生命科学研究的核心和灵魂,人们通过比较DNA序列来研究不同生物之间的进化关系,构建了“进化树”。但随着分子生物学研究的深入,人们发现某些病毒的进化史可能不是一种树状结构,此理论面临着新的挑战。人类对外部世界的认识永无止境,我们只有站在巨人的肩上去作新的攀登、新的追寻。 相似文献
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目的:介绍一种快速简便地优化多重PCR检测DMD基因外显子缺失的方法及详细步骤.方法:采2ml外周血,用0.2%氯化钠处理收集白细胞,再用基因组DNA提取试剂盒抽提基因组DNA,用优化的多重PCR法直接检测DMD基因外显子的缺失.结果:用该方法检测DMD基因外显子缺失结果准确清晰.结论:用优化的多重PCR技术可以直接检测DMD基因外显子缺失,跟通常使用的9对引物一步法相比,具有经济、快速、简便等特点. 相似文献
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目的:揭示转基因水稻全基因组遗传变异的特征与频率。创新点:通过单核苷酸分辨率揭示了农杆菌介导法转化水稻植株全基因组水平遗传变异的类型和频率以及外源DNA的整合模式。方法:应用Illumina Hiseq2000高通量测序技术测定了5个T0代转基因水稻株系的基因组序列。结合生物信息学分析和聚合酶链反应(PCR)扩增,以及Sanger测序,我们检测和验证单核苷酸多态性(SNP)和Indel变化类型和数量,转移DNA(T-DNA)及其载体骨架序列和转座子整合位点及特征,大片段的结构变异等遗传变异。结论:结果表明,农杆菌介导的水稻遗传转化,除T-DNA整合到水稻基因组外,还存在载体骨架整合现象;每个转基因水稻基因组的变异(SNP和小片段的缺失插入)数目为338–1774,与报道的组培过程中产生的变异类似;转基因水稻基因组仅存在Tos17转座子数量的变化,未检测到其他转座子数目和位置的变化。 相似文献
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采用分子生物学手段,运用PCR技术,以rDNA的ITS区为分子指标,首次对我国沼生花褶伞的核糖体DNA中的转录间隔区(ITS)序列进行了测定.通过对沼生花褶伞和紧缩斑褶菇的ITS序列进行相似性比对和分析,序列同源性高达84.3%,从分子水平上证明它们具有较近的亲缘关系. 相似文献
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Hui-ping CHANG Li PENG Liang CHEN Lu-fang JIANG Zhi-jie ZHANG Cheng-long XIONG Gen-ming ZHAO Yue CHEN Qing-wu JIANG 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2018,(5)
目的:分析H9N2禽流感病毒通过基因重配形成H7N9和H10N8人间禽流感病毒的进程,探讨作为供体的禽流感病毒H9N2在当前中国的主要分布及其内部6个基因节段的进化关系。创新点:人间禽流感病毒H7N9和H10N8共起源于H9N2禽流感病毒早已成为共识,但共起源的时间节点、作为供体的禽流感病毒H9N2在当前中国的分布及其内部6个基因节段的进化关系鲜有论及。2014年,H5N6禽流感被多次报道造成人类感染。研究表明,H5N6禽流感具有复杂的重配来源,H9N2正是其一,加之H7N9第五波流行的严峻形势,亟需明确H9N2禽流感病毒通过基因重配形成新亚型的能力以及它在我国的当前主要分布。方法:从流感病毒公共数据库下载基因序列,评估查找适当的碱基替代模型,通过进化树查看与H7N9、H10N8及H5N6具有高度相似性的H9N2病毒的分布地区以及它们在内部6个基因节段上的进化关系,同时通过碱基替代速率的计算追溯最近共同祖先(tMRCA)及其分歧时间。结论:人间禽流感病毒H7N9与H10N8均在2012年之前形成,短期内通过碱基替代与基因重配形成了两种可感染人类的禽流感病毒,证实了H9N2通过重配形成新亚型的高效性。作为重配供体的H9N2至今仍广布于华东、华南及东南亚。其内部基因节段的重配复杂,发生在亚型内部的重配以及通过重配形成新的病毒亚型的风险都很高,需在禽畜中加强流感病毒的流行动态监测,特别是那些一向被忽视的编码内部蛋白的基因组节段。 相似文献
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根据拟南芥Flowering Locus T（FT）基因和水稻Heading date 3a（Hd3a）基因的序列设计引物,通过PCR扩增的方法分别从麻竹和龙竹基因组DNA中各得到长为334bp的DNA片段.经BLAST检索、基因结构分析和编码蛋白功能域预测等分析,初步确定所得DNA片段可能是麻竹和龙竹中的FT同源基因的部分序列. 相似文献
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新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。 相似文献
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《莆田学院学报》2016,(2):20-24
对耐碳青霉烯类药肺炎克雷伯菌膜孔蛋白相关基因进行分析,构造膜孔蛋白结构模型,以了解膜孔蛋白在其耐药中的作用。采用聚合酶链技术(PCR)对确认为产KPC和IMP型碳青霉烯酶29株肺炎克雷伯菌的膜孔蛋白Omp K35和Omp K36基因进行检测、序列测定和生物信息学技术分析。结果,29株肺类克雷伯菌表现为对碳青霉烯类药物耐药、均检出膜孔蛋白Omp K35和Omp K36基因;通过序列比对和同源性分析发现,各菌株间存正突变、同源性高,构建了分子进化树和膜孔蛋白结构模拟图。结果表明,膜孔蛋白在碳青霉烯类药物耐药机制中不起主要作用,并初步了解膜孔蛋白分子进化情况和膜孔蛋白结构。 相似文献