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1.
根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。 相似文献
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以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576 bp,该基因的编码序列长为1 476 bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135 bp的5’非编码区和785 bp的3’非编码区。DNA序列的G+C百分含量为44.31%,A+T百分含量为55.69%。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91%、90%、82%和93%。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95%、95%、92%和95%。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。 相似文献
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李艳花 《雁北师范学院学报》2011,27(3)
应用RT-PCR的方法从拟南芥cDNA中克隆了AFH14的全序列,并对其功能结构域进行分析。发现所克隆的目的基因编码区全长3 102 bp,与基因组序列比对发现该基因包含18个内含子和18个外显子,编码1 033个氨基酸残基。通过与其它formin成员的序列比对分析,发现AFH14是一个典型的拟南芥II型formin,包括PTEN结构域。 相似文献
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根据GenBank发布的几丁质酶基因序列设计PCR引物,从叶片cDNA中克隆到了番茄几丁质酶基因,并命名为LeCHI,基因在NCBI中的登陆号为FJ849060。测序结果表明,LeCHI编码区全长为762 bp,编码253个氨基酸。RT-PCR检测表明,LeCHI基因在根、茎、叶和花蕾中均有表达。序列比对结果表明,LeCHI编码的氨基酸序列与同科的马铃薯、辣椒有较高的同源性。 相似文献
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根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H^＋-ATPaseA亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H^＋-ATPaseA亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cDNA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H^＋-ATPaseA亚基氨基酸序列同源性高达90％以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
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根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H+-ATPase A亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H+-ATPase A亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cD-NA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H+-ATPase A亚基氨基酸序列同源性高达90%以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
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李裕红 《泉州师范学院学报》2012,30(6):36-42
根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性. 相似文献
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根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明：该基因为放线菌来源chs基因．分别在该基因5＇末端和3’末端分别引入的限制酶NcoI和EcoRI酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple—T／chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点（PI）为5．41、分子量为3965道尔顿含有cHs保守功能区的酸性蛋白质．分析表明,该基因与Streptomyceslividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93％,氨基酸序列相似性高达87．70％．测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中． 相似文献
10.
以NCBI中的EST数据库为主要数据来源,以一系列生物信息学软件为工具,进行了超氧化物歧化酶（SOD）基因的电子克隆及生物信息学分析。结果表明：通过电子克隆方法获得了SOD基因的编码区全长序列,该预测的SOD蛋白质氨基酸序列与数据库中同类基因的蛋白质氨基酸序列具有极高的相似性,并且含有完整的保守结构域;电子克隆到的SOD基因编码的不是分泌蛋白,也不是膜蛋白,而是胞质蛋白。通过某个基因的一个EST序列采用电子克隆的手段进行基因全长的电子拼接是可行的。 相似文献