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李裕红 《泉州师范学院学报》2012,30(6):36-42
根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性. 相似文献
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用功率谱的方法分析了不同类蛋白质氨基酸疏水序列,我们发现不同类蛋白质氨基酸疏水序列有着与其肽链结构中α－螺旋,β－折叠片顺序强烈相关的周期性。 相似文献
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同源盒基因(Homebox gene)编码一类具有转录调控作用的蛋白,共有60个氨基酸残基。其序列上含有一段180个核苷酸序列的特征性DNA片段——同源异性盒(Home box)。目前发现同源盒结构域大体上有四种花式即:①α—螺旋—转角—α—螺旋;②亮氯酸拉链;③锌指结构;④α—螺旋—环—α—螺旋。 同源盒基因对研究生物个体发育的分子控制机制,信息传递,细胞分化,生物进化有重大意义。 相似文献
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珙桐rbcL基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大. 相似文献
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选取野桑蚕和5个中系家蚕地理品种为实验材料,采用PCR(polymerase chain reaction)产物直接测序法,获得细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因5′端591bp的核苷酸序列。对6个核苷酸序列进行变异性分析,并分别利用DNASTAR和PHYLIP软件构建分子进化树。结果表明:所选中系家蚕品种间的序列变异性很低;家蚕品种沿河-1和楚雄是独立起源的;家蚕品种德清-1和延吉的亲缘关系较近。 相似文献
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张杰 《周口师范学院学报》2015,(2):90-93,101
通过生物信息学的方法对绿僵菌非核糖体肽合成酶进行了分析.生物信息学分析表明:其一级结构并不保守;二级结构含有15个α螺旋结构、9个β折叠、多个无规则卷曲;三级结构可能有酰基激活酶、乙酰辅酶A绑定位点和腺苷一磷酸绑定位点结构域.三维建模表示在Swissmodel数据库中具有可靠的模型.理化性质分析表明其是稳定性的蛋白质. 相似文献
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通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡（Elopichthys bambusa）线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A＋T含量高于G＋C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远. 相似文献
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耐辐射异常球菌(D.radiodurans R1)osmC基因(DR_1538)编码的渗透诱导胁迫蛋白是一种在氧化胁迫中起重要作用的过氧化物酶.用PCR方法从耐辐射异常球菌中扩增出osmC基因的全长序列(441bp),采用原核表达系统对其进行表达纯化,获得了分子量大小约为18.7 kDa的带有His标签的融合蛋白.利用在线网站对OsmC蛋白的生物信息学分析,结果表明:OsmC蛋白由146个氨基酸组成,理论等电点为5.81,为亲水性蛋白;二级结构主要是由α-螺旋及不规则卷曲组成.OsmC蛋白的纯化及生物信息学分析为后续深入研究其功能奠定了基础. 相似文献