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固有无序蛋白是一类具有柔性结构的蛋白质,许多情况下通过与其它物质相互作用形成稳定结构来发挥重要生物功能.本文分别利用基于序列特征和结构特征的蛋白质结合位点预测程序对固有无序蛋白有序区和无序区与核酸分子的结合位点进行了预测分析.结果发现,基于结构特征的结合位点预测方法整体上要优于基于序列特征的预测方法,表明无序区尽管缺少稳定空间结构,结构特征依然在固有无序蛋白结合位点中发挥了重要作用.因此,可以为今后固有无序蛋白序列特征及结构特征的提取提供可靠依据. 相似文献
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在温度为300K,压强为2000bar、10000bar时,对小蛋白Trpcage的去折叠过程进行了分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强改变情况,结果发现,高压会导致Trpcage变性,然后对其变性原因进行了分析。 相似文献
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针对二极管激光器端面泵浦Nd:YVO4晶体工作特点,提出矩形各向异性激光晶体热模型.在晶体周边冷却,两通光面绝热情况下,通过求解泊松热传导方程,精确计算出矩形截面Nd:YVO4激光晶体的温度分布,进而求解Nd:YVO4激光晶体端面热膨胀量以及不同泵浦功率下的热焦距.研究结果表明,在泵浦功率为20 W时,激光晶体泵浦面最高升温503.4 K,最大热形变量5.42μm.对激光晶体温度场分布和端面热形变的研究,为解决晶体热效应提供了理论基础. 相似文献
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基因重复是普遍存在的现象,与基因组进化密切相关,是基因组和遗传系统分化的重要推动力.目前针对原核基因组中蛋白质编码基因序列中的重复基因的系统研究还很少.本文以四种具有不同GC%含量的原核生物基因组为研究对象,用CodonW软件对各基因组中完全相同的功能基因的密码子使用偏好进行分析,用CD-hit软件对各基因组中以80%为阈值的重复蛋白编码基因进行分析.结果表明四个基因组的蛋白编码基因中普遍存在基因重复序列,其比例占到2.77%~7.03%.对序列完全相同的功能已知基因的分析表明其序列长度分布在50bp到1000bp左右的范围,多数长度在500bp以下;功能分析表明所研究基因组中大部分重复基因与转座酶有关,还有少量的编码转移酶、水解酶、跨膜蛋白、阻遏蛋白等.对各基因组中重复基因中序列完全相同的基因的密码子偏好性分析表明这些多拷贝基因坐落在基因组中某一特定区域并集中分布,展现出明显的共性特征.本文的尝试性工作将为今后原核基因组研究提供新思路. 相似文献
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进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据. 相似文献
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氢键系统大量存在于生命系统中,研究氢键结构及其特性对于揭示生命的奥秘具有重要的意义.用四阶Runge-Kutta方法数值分析了在恒定外场影响下氢键系统中的质子传递.结果表明恒定外场能够改变质子的传递速度,但质子仍能够稳定传递. 相似文献
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以Davydov提出的蛋白质中能量传递的理论及庞小峰教授的改进理论为基础,采用四阶Runge-Kutta 数值分析方法,通过计算机模拟研究了在生理温度下孤子在蛋白质中的传递情况．研究表明,在生理温度下该孤子在Davydov理论中已不存在,而改进理论中的孤子能够稳定存在．从而自数值模拟角度证明了改进理论的可利用性． 相似文献
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采用分子动力学模拟方法,对Chignolin在260 K、300 K、350 K和400 K进行去折叠模拟,计算8个残基(2—9位点)的构象熵.研究发现,构象熵值可大致分为低熵组、中熵组和高熵组.影响残基熵值的因素主要为温度、残基的原子数、残基所在位点、与邻近残基的相互作用等.还发现残基的构象熵有短时间急剧变化——阶梯跃变的现象.这意味着蛋白质的去折叠可能是不连续的.提示蛋白质的折叠过程可能也是不连续的. 相似文献
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