| 基于罂粟基因组的SSR位点鉴定及其特征分析 |
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| 引用本文： | 凌立贞,杜毛毛,张书东.基于罂粟基因组的SSR位点鉴定及其特征分析[J].六盘水师范高等专科学校学报,2023(6):99-105. |
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| 作者姓名： | 凌立贞 杜毛毛 张书东 |
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| 作者单位： | 六盘水师范学院生物科学与技术学院 |
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| 基金项目： | 六盘水市科技计划项目“六盘水特色浆果资源开发与利用创新团队”（52020[2019]05-05）；六盘水市科技计划项目“六盘水市生物多样性保护和利用科技创新人才团队”（52020[2022]PT-20）； |
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| 摘 要： | 探究罂粟全基因组的简单重复序列（SSR）数量及位点分布特征，利用MISA软件搜索罂粟基因组上的SSR位点，结果表明罂粟全基因组共鉴定出833 005个SSR位点，进一步分析共确定3 288种重复基元类型。其中单碱基SSR重复基元最丰富，占比为40.25%。罂粟基因组SSR基元类型富含A和T。在复合型SSR位点中，主要的重复基元类型为A/T、AAG/CTT、AAAT/ATTT，其中A/T占据总复合类型的38.91%。进一步的分析表明重复类型的数量与染色体的长度存在一定的线性关系。研究结果可为后续罂粟全基因组SSR分子标记开发提供理论依据。
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| 关 键 词： | 罂粟 简单重复序列 重复类型 基因组 |
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