| QUASAR:一种生物序列数据库的搜索算法 |
| |
| 引用本文： | 喻钧,胡志毅,王建国.QUASAR:一种生物序列数据库的搜索算法[J].现代图书情报技术,2006,1(4):74-76. |
| |
| 作者姓名： | 喻钧 胡志毅 王建国 |
| |
| 作者单位： | 1. 西安工业学院计算机科学与工程学院,西安,710032
2. 总后建筑工程研究所,西安,710032 |
| |
| 摘 要： | 介绍一种生物序列数据库的搜索算法--QUASAR，即采用索引的后缀数组，通过筛选q-gram进行局部比对的方式来搜索查询序列在数据库中的近似匹配，并运用窗口推移和分块查找的方法来加快搜索和节省搜索空间。同时，将QUASAR和最流行的BLAST搜索工具进行简单比较。
|
| 关 键 词： | QUASAR 数据搜索 |
| 收稿时间： | 2006-01-23 |
| 修稿时间： | 2006-02-08 |
QUASAR: An Algorithm for Searching Biological Sequence Databases |
| |
| Yu Jun,Hu Zhiyi,Wang Jianguo.QUASAR: An Algorithm for Searching Biological Sequence Databases[J].New Technology of Library and Information Service,2006,1(4):74-76. |
| |
| Authors: | Yu Jun Hu Zhiyi Wang Jianguo |
| |
| Abstract: | This paper introduces an algorithm for searching biological sequence databases QUASAR. It is based on an index suffix array, as well as uses q-gram filtration and local alignment to search approximate matches of a query sequence in the databases. And also uses Window shifting and block addressing in order to speed up the retrieval and reduce the space. Finally, compares QUASAR with BLAST which is a popular searching algorithm currently. |
| |
| Keywords: | QUASAR |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《现代图书情报技术》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《现代图书情报技术》下载免费的PDF全文 |
