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1.
基于杨梅基因组鸟枪法测序开发的107个SSR标记及其在品系鉴定中应用 总被引：2，自引：0，他引：2
Hui-min JIA ;Yu-tong SHEN ;Yun JIAO ;Guo-yun WANG ;Xiao DONG ;Hui-juanJIA ;Fang DU ;Sen—miaoLIANG ;Chao—chao ZHOU ;Wei—huaMAO ;Zhong-shan GAO 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,15(11):997-1005
研究目的：开发多态性高的基因组简单重复序列（SSR）标记,为杨梅遗传多样性、遗传图谱构建及品种鉴定相关研究奠定基础。
创新要点：从杨梅全基因组鸟枪法测序数据中新开发了107个SSR标记,并应用于品种间遗传多样性分析及品系鉴定。
研究方法：应用生物信息学软件从基因组测序数据中搜索SSR位点并设计相应引物,添加通用的M13尾巴和荧光标识筛选多态性高的SSR标记。
重要结论：开发的107个基因组SSR标记可以广泛应用于杨梅种质资源和遗传育种研究,鉴定出三个杨梅新品系。 相似文献
2.
Xiao-yan YUE Guo-qin LIU Yu ZONG Yuan-wen TENG Dan-ying CAI 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,(4)
研究目的:基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR(genic-SSR)标记,为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。创新要点:首次利用梨属植物的转录组测序(RNA-seq)数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记,并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。研究方法:应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物,结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。重要结论:转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。 相似文献
3.
Xiao-yan YUE Guo-qin LIU Yu ZONG Yuan-wen TENG Dan-ying CAI 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,15(4):303-312
研究目的：基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR（genic-SSR）标记,为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。创新要点：首次利用梨属植物的转录组测序（RNA-seq）数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记,并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。研究方法：应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物,结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。重要结论：转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。 相似文献
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利用微卫星（SSR）技术对草地藏系绵羊的OarAE101、OarHH35和BM143等3个微卫星座位进行多态性分析,结果表明：草地藏系绵羊的微卫星DNA随机分布于基因组中,OarAE101、OarHH35和BM143等3个微卫星座位的多态信息含量（PIC）分别为0.766、0.694和0.852,杂合度分别为0.792、0.730和0.799。上述遗传多样性指标均表明所研究的草地藏系绵羊群体微卫星标记位点上的遗传多样性较为丰富。 相似文献
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使用合丰25等来自13个育种单位的13份大豆(Glycine max)品种对大豆20个连锁群上的100对SSR标记进行筛选,最终保留了扩增稳定且多态性较高的43对SSR标记,分析了黑龙江省83个主栽大豆品种的遗传多样性.结果表明,在所有供试材料中共鉴定出等位变异157个,每个位点2-7个,平均为3.65个.品种间遗传相似系数为0.216-0.937,平均为0.638 4,表明黑龙江省大豆品种的遗传相似性较大.故拓宽黑龙江省大豆品种的遗传基础具有重要意义. 相似文献
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为了对本课题组得到的大批优质棉花种质资源进行RAPD分子标记遗传多样性鉴定,我们进行了对棉花有效的引物对的筛选,并完成了24个优质棉花材料的遗传多样性分析.结果从48个随机引物对中筛选出了20对引物,这些引物对这24个优质棉花材料的有效性非常高,共扩增出113条谱带,平均每个引物扩增出5.65条,而且这20个随机引物对这24个材料的多态性谱带扩增效果非常明显,多态率高,能明显分辨出来源不同的材料.将这些多态性标记通过聚类软件分析,可将这24种材料明显的分为六类群,遗传多态性得到明显的体现. 相似文献
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SSR和ISSR分子标记已广泛应用于研究遗传行为和基因定位。在对水稻早世代稳定遗传特性的研究中,选用分布于水稻12条染色体上的168对多态性较好的SSR引物,对28个稳定株系的F_1、F_2、F_3及同组合的分离株系进行了SSR标记分析；选用26个多态性较好的ISSR引物对5个组合中出现的8个稳定株系及同组合的分离株系进行了ISSR分子标记。结果显示：稳定株系的标记带型出现三种类型：(1)母本带出现,父本带消失；(2)父本带出现,母本带消失；(3)出现非父母标记带型。分离株系表现为杂合标记带。推测水稻早世代稳定是在遗传因子作用下,在杂交受精或合子早期发育中发生了双亲染色体重排,形成纯合的F_1单株。 相似文献
9.
利用4个斑马鱼微卫星分子标记,对3个品系(AB品系、LF品系、TU品系)的斑马鱼进行遗传多样性和系统发生关系分析.研究结果显示:斑马鱼种水平的Shannon信息指数(Ⅰ)为0.5647,平均为0.4479,基因多样性指数(H)为0.3830,平均为0.3033,表明斑马鱼品系内及品系间均具有较高的遗传多样性.斑马鱼品系间的基因分化系数(G)和基因流(Nm)分别为0.2081、1.9026,斑马鱼3个品系间的遗传距离平均为0.1890.并以聚类分析和群体结构分析为基础,将3个品系斑马鱼分为2个支系:AB品系斑马鱼和TU品系斑马鱼为第1支系,LF品系斑马鱼为第2支系. 相似文献
10.
限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性（RAPD）、扩增片段多态性（AFLP）和微卫星（SSR）等DNA分子标记技术被广泛地应用于生物学各领域,为濒危物种、珍稀物种的保护提供分子水平上的理论依据。本文重点论述了DNA分子标记在动物保护生物学中,如遗传多样性的检测、分析群体遗传结构、确定分类地位、探讨物种的系统发生关系、亲子鉴定等方面的应用。 相似文献
11.
目的:以高耐盐碱多年生沙漠经济灌木黑果枸杞为研究材料,对其在盐碱胁迫处理下的生理指标进行测定,确定转录组测试的时间。通过转录组分析挖掘潜在抗逆基因,并挖掘全转录组水平的分子标记。旨在为黑果枸杞的优良基因资源利用、野生品种保护和新品种培育提供理论依据和实践指导。创新点:首次对黑果枸杞进行盐碱胁迫下的生理指标变化和全转录组水平的基因表达变化进行分析,并基于转录组进行大规模简单重复序列标记开发和验证,并将所获取的分子标记应用到9个野生群体进行遗传多样性分析。方法:采用双通道PAM-100荧光仪研究盐碱胁迫对黑果枸杞P700(PS I)和叶绿素荧光(PS II)的影响;通过盐碱胁迫下丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物酶(POD)活性变化选定转录组测序(RNA-seq)取样时间;采用Illumina高通量测序平台进行转录组从头测序;选取20个基因采用荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法进行基因表达分析;基于转录组序列组装结果进行简单重复序列扫描;采用聚丙烯酰胺凝聚和毛细管电泳法鉴定引物多态性,选取其中11对多态性引物应用于遗传多样性分析。结论:通过对对照以及混合盐碱处理的黑果枸杞无菌苗进行生理和生化测试,结果选定处理6小时为取样点。RNA-seq结果共获得68 063个unigene,平均长度为877 bp,其中4096个基因在混合盐碱处理下表现为上调,4381个表现为下调。随机选取24个基因进行荧光定量表达分析,结果显示,荧光定量表达结果与RNA-seq结果呈显著正相关。基于转录组测试数据,在7940个基因中挖掘出9216个简单重复序列标记,对其中77个进行检测,显示有68个位点清晰存在,选取其中11个多态性位点对来自西北四个省份或自治区的9个野生种质资源进行遗传多样性分析,结果显示分析可靠。 相似文献
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《常熟理工学院学报》2017,(4)
采用Simple Sequence Repeats(SSR)分子标记对三裂绣线菊(Spiraea trilobata L.)8个海拔的种群进行遗传多样性和遗传结构分析.结果表明,17对具有稳定多态性的SSR引物,共被检测出380个多态性位点,多态位点百分率(PPB)为59.61%;观察等位基因平均数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon多样性指数(I)、Nei's基因多样性指数(H)分别为1.596 1,1.309 3,0.287 4,0.187 7.三裂绣线菊种群间的遗传多样性较高;种群内的遗传变异高于种群间(G_(ST)=0.309 7),说明种群内变异是其主要变异来源.8个种群明显聚为两支,海拔最高的两个种群(种群7、8)聚为一支,与PCoA和Structure分析结果相吻合.本文结果可为三裂绣线菊种质资源保护和可持续开发利用提供科学的理论依据. 相似文献
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RAPD标记技术及其应用进展 总被引：2，自引：0，他引：2
RAPD标记技术是在PCR技术的基础上发展起来的一种运用随机引物扩增,寻找多态性DNA片段遗传标记的分子生物学技术,具有操作简便、敏感性高,容易发现DNA的多态性和通用性等优点.文章简单介绍了RAPD技术在物种的亲缘关系、种质资源的多样性、DNA指纹和种子纯度的鉴定、构建分子标记连锁图、基因定位和数量性状的选择、居群及种系遗传分析和遗传连锁图的构建等方面的应用进展. 相似文献
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GPAT基因对蓖麻储存油脂（triacylglycerols,TAG）的合成调控具有重要作用。为了从分子进化角度研究蓖麻GPAT的多态性,参考GenBank中编码蓖麻GPAT的基因组序列设计一对特异性引物对来自32个不同地区种质的GPAT进行测序,获得32个长约741bp的基因组序列。多态分析表明：在741bp的区间内共发现1个SNP,频率为1/741bp,多样性指数Pi为0.00069。结果表明GPAT基因与种质油含量和种子大小的关系均无明显相关性。该研究分析了GPAT基因的遗传多样性,遗传变异与油脂数量和种子大小性状的相关性。 相似文献
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《南阳师范学院学报》2018,(3):21-25
利用ISSR标记对14个月季品种进行遗传多样性分析.正交设计确定20μL最佳ISSR-PCR反应体系,筛选7条引物对14个月季品种的基因组DNA进行ISSR-PCR扩增.7条引物共扩增出60条DNA条带,多态性位点52个,多态性位点百分率为86.0%,品种间遗传一致度为0.500.85.UPGMA聚类显示,藤本月季与大花月季和微型月季存在不同程度的亲缘关系.月季品种间的遗传多样性较高,大花月季、藤本月季和微型月季的品种类群间可能发生过杂交和基因交换. 相似文献
17.
介绍了在作物遗传育种中常用的几种分子标记,并且概述了它们在作物遗传育种中应用的几个方面(1)分子标记遗传图谱的建立及基因定位;(2)分子标记的辅助选择;(3)亲缘关系和遗传多样性研究;(4)品种纯度鉴定. 相似文献
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系统地介绍了ＲＡＰＤ技术的概念,原理,特点及具体操作中存在的应注意的问题,就ＲＡＰＤ技术在玉米作物遗传育种中的应用,如品种品系鉴定和遗传纯度测定,遗传多样性分析,基因定位与分离,遗传图谱构建等进行了总结,还对ＲＡＰＤ标记应用的局限性进行了分析。 相似文献
19.
DNA分子标记及其在作物遗传育种中的应用 总被引：3，自引：0，他引：3
介绍了在作物遗传育种中常用的几种分子标记，并且概述了它们在作物遗传育种中应用的几个方面：（1）分子标记遗传图谱的建立及基因定位；（2）分子标记的辅助选择；（3）亲缘关系和遗传多样性研究；（4）品种纯度鉴定。 相似文献
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《生物学教学》2014,(2):72-72
据2013年8月30日《科技日报》报道,澳大利亚昆士兰大学以及华大基因等单位的科学家联合对44株不同来源的高粱样本,包括地方品种、改良品种和野生材料,进行了全基因组重测序及分析,并首次对拟高粱进行了全基因组测序。结果发现,高粱与拟高粱都存在丰富的遗传,不同的高粱品种在基因组中存在着强烈的种群结构差异和复杂的驯化历程,包括至少发生过两次独立的驯化事件,并证实了来自非洲西部的基因组与其他栽培高粱品种之间存在着显著的差异。研究还揭示了遗传多样性在高粱驯化和改良的过程中存在下降的趋势,鉴定了基因组中与驯化和改良相关的基因。此外,在高粱基因组中还发现了大量的拷贝数变异、基因缺失和获得事件。这些遗传变异的发现为高粱的改良和驯化提供了重要的科研依据。该研究成果为高粱及其他粮食作物的育种改良提供了宝贵的遗传资源。研究结果发表于《自然·通讯》杂志。 相似文献