云南省水稻矮缩病毒S10片段的序列分析     

张磊  董家红  朱勇  张仲凯 《昆明师范高等专科学校学报》2010,(6):87-88,91

用RT？PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的ORF,编码352个氨基酸.云南分离物S10片段之间的核苷酸同源性约为97.9%~99.9%,其编码的氨基酸同源性为97.7%~100%;云南分离物与日本分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.1%~95.4%和96.3%~99.2%,与中国分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.8%~96.6%和95.2%~96.6%.云南分离物在亲缘关系上与日本分离物较中国分离物近.  相似文献   

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析     

王选年  贾文科  银梅  岳峰  田献礼 《平原大学学报》2010,(1)

新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。  相似文献   

CMV甜瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及其生物信息学分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

马新艳 《南阳师范学院学报》2008,7(12)

从河南省临颖县采集的病毒感染的甜瓜样本经ELISA检测和接种分离获得黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic vi-rus,CMV）分离物。把该分离物接种于西葫芦,从发病的叶片中提取总RNA,并以此为模板经RT-PCR扩增获得CMV的外壳蛋白（cp）基因,将其克隆到pUCm-T质粒上。经序列测定和生物信息学分析,结果表明该cp基因由657个核苷酸组成,编码218个氨基酸。预测该蛋白的等电点为5。12,分子量约为24kD。其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组I的分离物有较高的同源性,达92.2%～93.9%,与亚组II的同源性仅为76.8%～77.8%,与我国报道的CMV分离物的cp基因序列比较,只有香蕉株系XB外核苷酸序列的同源性达91.8%～93.4%。根据这些分析,该CMV分离物属于亚组I。另外还对黄瓜花叶病毒外壳蛋白的高级结构作出了预测。  相似文献   

钩端螺旋体黄疸出血群赖株mviN基因的克隆     

顾福萍  蒋培余 《湖州师范学院学报》2008,30(1):110-115

采用高保真PCR从我国钩体黄疸出血群赖株基因组中扩增全长mviN基因片段,对钩体黄疸出血群赖株mviN基因进行克隆.结果显示,所克隆的mviN基因的核苷酸和氨基酸序列与已发表的mviN基因序列(Accesion No.in GenBank: NC004343)同源性分别为99.68%和99.42%.因此可以认为,我们成功克隆了mviN基因,并为该基因的后续研究奠定了基础.  相似文献   

杉木CAD基因生物信息学分析     

佘朝文  许栋  张青桦  蒋向辉 《怀化学院学报》2009,28(11):17-21

杉木CAD片段为信息探针,利用序列拼接方法获得了738bp的cDNA序列.利用MEGA4.0软件对不同进化层次的代表植物相应CAD基因进行比对,构建系统进化树.利用生物信息学方法分析了杉木CAD基因的结构与功能,其中包括核苷酸序列的组成、ORF识别、CpG岛、限制性酶切位点分析、卷曲螺旋、亲水性、糖基位点及二级结构.结果表明:杉木与铁杉的CAD基因具有99.00%的同源性;该序列在88～737bp片段上有一个开放性阅读框,该序列编码的是一个碱性蛋白,亲水性较强,疏水性较弱,信号肽序列为第1位～第11位,二级结构以α-螺旋(27.50%)与不规则盘绕(41.50%)为主,延伸链(22.50%)也是该蛋白的重要结构元件,β转角区域仅为8.50%.  相似文献   

鸡γ-干扰素的克隆和序列分析     

谢昆  王传铭  林丽飞  王栋  李河 《蒙自师范高等专科学校学报》2007,5(2):10-13

根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用primer 5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序,测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列比较,两序列间同源性为100%.计算机软件对鸡γ-干扰素编码的氨基酸序列进行了抗原性分析,结果表明鸡γ-干扰素具有良好的免疫原性.  相似文献   

长白蝮蛇类凝血酶基因（Ussurase）的克隆及分析     

杜道林  邓晓东等 《海南师范学院学报》2001,14(3):85-93

从长白蝮蛇（Agkistrodon halys Ussuriensis)毒腺中抽提总RNA，采用RT－PCR扩增其类凝血酶基因，经全序列测定，类凝血酶基因ussurase全长为699个核苷酸，即编码233个氨基酸；根据同源性，推测它的活性中心为His^40,Asp^85和Ser^179；二硫键为Cys^7-Cys^138,Cys^25-Cys^41,Cys^73-Cys^231,Cys117-Cys^185,Cys^149-Cys^164和Cys^175-Cys^200。该蛇毒类凝血酶cDNA序列及推导的氨基酸序列均为首次报道。  相似文献   

枇杷果实液泡膜V-ATPase D亚基基因的克隆及表达     

谢晓清  陈发兴  赖钟雄 《莆田学院学报》2013,(5):51-54

提取枇杷果实总RNA,根据RNAseq数据库查找得到的(液泡膜质子泵V-ATPase)基因片段序列11个。设计引物,采用RACE技术,获得质子泵V-ATPase cDNA的全长,对测序结果进行分析,并将序列在NCBI上进行blast比对,结果显示核苷酸序列和氨基酸同源性均在80%以上,为质子泵酶基因V-ATPase D亚基基因。经qPCR分析表明,该基因对枇杷果实有机酸具有明显调控作用。  相似文献   

鳡β-肌动蛋白基因的克隆及表达分析     

郁建锋  王蕾  张燕萍  李建林  顾志良 《常熟理工学院学报》2011,25(4):65-70

肌动蛋白（actin）在维持细胞结构、细胞运动和细胞分裂等过程中发挥着重要的作用.为了克隆鳡（Elopichthys bambusa）β-肌动蛋白（β-actin）全长cDNA,采用反转录PCR（RT-PCR）和cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA ends,RACE）技术,从鳡肌肉获得全长为1775bp的β-actin cDNA序列,其中包含1128bp的开放性阅读框,编码375个氨基酸,5′-非翻译（UTR）区为98个核苷酸,3′-UTR区为549个核苷酸.核苷酸与氨基酸的同源性分析发现,鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼的同源性均在98%以上,其中与团头鲂（Megalobrama amblycephala）的同源性最高,分别为98.94%和99.73%,而与其他脊椎类动物如哺乳类、鸟类、两栖类的同源性也分别在85%和97%以上,说明该基因在生物的分子进化过程中具有很高的保守性.采用核苷酸系统发育分析结果显示鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼聚类在一起,且与团头鲂的亲缘关系最近.RT-PCR分析结果显示,β-actin基因在鳡的肝脏、肾、肠、脑、心脏、鳃和肌肉等7个组织均有表达.  相似文献   

HCV阴性者外周血单核细胞的染色体外环状DNA中与HCV同源的DNA序列（英文）     

Reinhard H. Dennin  Jian-Er Wo 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2019,(8):637-646,1-4

目的:研究与丙型肝炎病毒(HCV)基因RNA序列同源的人染色体外环状DNA(eccDNA)序列.创新点:首次从HCV阴性者eccDNA中检测到HCV 5’-非编码区(5’-NCR)基因组RNA序列,验证了我们的假设: HCV同源DNA序列存在于人的外周血单核细胞的eccDNA组分中.方法:用分离的eccDNA进行HCV特异的聚合酶链反应(PCR),采用核苷酸序列同源性搜索分析软件(BLASTn)对测序结果进行比对分析,并检测其甲基化模式.结论:实验结果证实了我们的假设:即部分HCV 5’-NCR基因组RNA序列存在于外周血单核细胞的eccDNA组分.同时,甲基化分析结果显示了个体间的甲基化模式所代表的受遗传调控的表观遗传特征.  相似文献