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1.
采用分子生物学手段,运用PCR技术,以rDNA的ITS区为分子指标,首次对我国沼生花褶伞的核糖体DNA中的转录间隔区(ITS)序列进行了测定.通过对沼生花褶伞和紧缩斑褶菇的ITS序列进行相似性比对和分析,序列同源性高达84.3%,从分子水平上证明它们具有较近的亲缘关系. 相似文献
2.
以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576 bp,该基因的编码序列长为1 476 bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135 bp的5’非编码区和785 bp的3’非编码区。DNA序列的G+C百分含量为44.31%,A+T百分含量为55.69%。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91%、90%、82%和93%。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95%、95%、92%和95%。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。 相似文献
3.
根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。 相似文献
4.
刘子贤 《佳木斯教育学院学报》2013,(8):492-493
高相似性DNA重复序列在其复制、遗传过程中容易发生错配,因此其遗传具有不稳定性,然而在决定人类男性特征的Y染色体MSY区却存在着较高比例的重复序列,其中包含了8个巨大回文(P1P8)和5个长反向重复序列(IR1P8)和5个长反向重复序列(IR1IR5)。这些高相似性重复序列在决定男性特征的睾丸特异性基因的进化过程中起着至关重要的作用,且稳定遗传了至少数百万年,然而目前对它们的分子起源和进化机制却所知甚少。本工作仔细地考察了P2、P3和IR2的结构和序列特征,并提出P3和IR2的进化模型。结果丰富了对回文序列进化动力机制的了解,可以为探索较大回文序列的起源和生物学功能提供线索和依据。 相似文献
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《河南职业技术师范学院学报(职业教育版)》2017,(6)
为进一步明确导致新乡地区金银花根腐病的主要病原及其种属地位,采用纯培养技术对金银花根腐病的病原菌进行分离、纯化,并利用根部切伤接种法对病原回接以测定其致病性,通过显微观察和核糖体DNA转录间隔区(ITS)序列分析对病原菌进行鉴定.结果表明:PDA培养基上的C-3-1菌落为绒毛状,大分生孢子为镰刀形,有2~3个隔膜,大小为20.0~35.1μm×3.5~5.0μm,小分生孢子为肾形,有0~1个隔膜,大小为5.0~12.0μm×2.0~4.0μm.用通用引物ITS1和ITS2扩增真菌r DNA的内部转录间隔区ITS序列与尖孢镰刀菌C-3-1基因全序列(登录号:JF439472,GQ922558,DQ452447.1)相似性为100%.确定尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum为新乡金银花根腐病的病原菌. 相似文献
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利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高． 相似文献
8.
本文针对DNA序列的分类问题,通过使用SPSS和Matlab软件,运用Fisher判别法、BP人工神经网络模型和支持向量机方法,由已知AB类样本分别对未知类型的20个DNA序列进行分类.并通过三个统计分类方法的结果同时综合考虑误差及原理分析对三个统计分类方法进行比较,得出三个统计方法的优势及其不全面之处. 相似文献
9.
《宜宾学院学报》2017,(6):111-114
为获得抗高粱蚜的芽孢杆菌,从被高粱蚜侵害的高粱根际土壤、叶片及死亡蚜虫中分离出7株芽孢杆菌.毒力试验表明,菌株RA1402对蚜虫的校正死亡率最高,可达57.3%.对该菌株进行形态特征、生理生化及16S r DNA序列分析,初步鉴定为特基拉芽孢杆菌(Bacillus tequilensis).其特征为:细胞呈杆状,链状或成对排列,芽孢位于中部或近中部,无孢囊;不能将硝酸盐还原为亚硝酸盐,可分解淀粉,能利用木糖、阿拉伯糖和甘露醇.其16S r DNA序列与特基拉芽孢杆菌的相似性达到99.93%,在Gen Bank上的登录号为KR819163. 相似文献
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采用PCR和染色体步移法克隆了鳡（Elopichthys bambusa）肌肉生长抑制素长789 bp的内含子1、987 bp的内含子2及长662 bp的部分上游启动子序列.同源性比对分析表明,鳡MSTN的内含子1、2与鲤科鱼类的同源性相对较高（内含子1：60.42%～67.21%;内含子2：40.00%～51.21%）,与其他鱼类、鸟类以及哺乳类动物的同源性则较低.生物信息学方法预测鳡MSTN的部分启动子序列中含有2个近转录起始点的TBP（TATA框）、2个CTF（CAAT框）、3个Sp1、10个C/EBP、4个Oct1、2个潜在AP1的结合位点,此外还存在1个GATA、3个HNF1、1个NF-κB和1个CREB等多种转录因子结合位点以及3个E-框. 相似文献
12.
Xiao-li Xie Li-fei Zheng Ying Yu Li-ping Liang Man-cai Guo John Song Zhi-fa Yuan 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2012,13(2):152-158
Biology sequence comparison is a fundamental task in computational biology. According to the hydropathy profile of amino acids,
a protein sequence is taken as a string with three letters. Three curves of the new protein sequence were defined to describe
the protein sequence. A new method to analyze the similarity/dissimilarity of protein sequence was proposed based on the conditional
probability of the protein sequence. Finally, the protein sequences of ND6 (NADH dehydrogenase subunit 6) protein of eight
species were taken as an example to illustrate the new approach. The results demonstrated that the method is convenient and
efficient. 相似文献
13.
目的：克隆蚓激酶基因并在GENEBANK中进行序列分析．方法：采用RT—PCR技术，以蚯蚓总．RNA为模板进行扩增，克隆蚓激酶基因、用Blast软件对基因进行同源性分析．结果：克隆了一个cDNA片段，与GENEBANK中蚓激酶基因序列最高同源性为99％．结论：本方法实用可行，同源性分析表明克隆的cDNA片段具备完整的蚓激酶编码区，为下一步进行蚓激酶的表达研究奠定了良好的基础． 相似文献
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Objective video quality assessment plays a very important role in multimedia signal processing. Several extensions of the structural similarity （SSIM） index could not predict the quality of the video sequence effectively. In this paper we propose a structural similarity quality metric for videos based on a spatial-temporal visual attention model. This model acquires the motion attended region and the distortion attended region by computing the motion features and the distortion contrast. It mimics the visual attention shifting between the two attended regions and takes the burst of error into account by introducing the non-linear weighting fimctions to give a much higher weighting factor to the extremely damaged frames. The proposed metric based on the model renders the final object quality rating of the whole video sequence and is validated using the 50 Hz video sequences of Video Quality Experts Group Phase I test database. 相似文献
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试验以木薯品种辐选01和利达生物有机肥为材料，就生物有机肥对木薯后期抗衰老生理特性的影响进行研究。结果表明：在生长后期，各生物有机肥处理木薯叶片过氧化物酶活性、过氧化氢酶活性、脯氨酸含量均比对照的高。而各生物有机肥处理木薯叶片丙二醛含量均比对照的低。综合比较，各生物有机肥处理的抗衰老特性都比对照的强。 相似文献
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研究了草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区多态性,获得了草地藏系绵羊mtDNA D-Loop区全长序列信息,这一区段的DNA长度为1179～1183 bp(A型)和1106 bp(B型),其长度存在明显差异,这主要是由于该区内串联重复序列数目的不同造成的,因此草地藏系绵羊可分为A型(3个重复)和B型(4个重复)两种类型。 相似文献
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解廷月 《雁北师范学院学报》2006,22(5):46-50
由于真核生物基因组染色体上各种序列的组织和安排复杂,所以我们把果蝇染色体上顺次排列的DNA序列分成内含子和编码序列两类.分别用描述序列构成的四个信息参数,分析各类序列沿着染色体分布特征,并着重讨论染色体着丝粒及其周围区域的分布规律,并解释引起这些特征的原因.用线性拟合和多项式拟合分析染色体各类序列沿染色体的统计分布特征(学生t检验),分析各个参数的平均值在染色体不同区域的差别.果蝇染色体参数X值是由D1(碱基偏置)和D2(碱基关联)值共同决定的,但果蝇染色体的编码序列参数X分内含子序列相比,分布没有趋同性.显示出编码序列跟内含子序列染色体的分布不同. 相似文献
18.
以NCBI中的EST数据库为主要数据来源,以一系列生物信息学软件为工具,进行了超氧化物歧化酶（SOD）基因的电子克隆及生物信息学分析。结果表明：通过电子克隆方法获得了SOD基因的编码区全长序列,该预测的SOD蛋白质氨基酸序列与数据库中同类基因的蛋白质氨基酸序列具有极高的相似性,并且含有完整的保守结构域;电子克隆到的SOD基因编码的不是分泌蛋白,也不是膜蛋白,而是胞质蛋白。通过某个基因的一个EST序列采用电子克隆的手段进行基因全长的电子拼接是可行的。 相似文献