5-甲酰基胞嘧啶修复机理的理论探究     

《绵阳师范学院学报》2019,(2):47-52

5-甲酰基胞嘧啶(5-formylcytosine,5-fC)是胞嘧啶的主要氧化损伤之一,其形成对基因的表达具有显著影响.本文采用量子化学密度泛函理论(DFT)对5-fC的修复机理进行了理论研究.所有反应物、中间体、产物和过渡态的构型均采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法进行全优化.该修复机理分为六步:首先,咪唑提供质子使5-fC的N_3原子质子化,随后为巯基乙醇对C_6原子的亲核加成和水分子对C_5-甲酰基C=O的亲核加成,然后依次为C_5-脱甲酸,C_6-脱巯基乙醇和N_3-去质子化反应.计算结果表明:咪唑对5-fC上N_3原子的质子化破坏了嘧啶环上的共轭,增大了C_6原子的电荷密度,有利于随后巯基乙醇的亲核进攻;巯基乙醇的亲核加成为无能垒的自发放热过程,而脱巯基乙醇为吸热反应; C_5-脱甲酸反应为整个反应的决速步骤,活化能为47. 7 kcalmol~(-1).该研究从电子水平上解释了5-fC修复的本质,完善了DNA碱基氧化损伤的修复机理.  相似文献   

CH_3SCH_3与CH_nF_(3-n)(n=0～3)吸氢反应的直接动力学研究     

史朝辉 《佳木斯教育学院学报》2011,(6):224+226-224,226

利用密度泛函方法(B3LYP)在6-311+G(d,p)基组水平上研究了CH3SCH3与CHnF3-n(n=0～3)吸氢反应的微观动力学机理,在QCISD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311+G(d,p)+ZPE水平上进行了单点能校正,并利用Polyrate 8.2程序计算了各反应在200～3000K温度区间内的速率常数kTST、kCVT和kCVT/SCT,此外运用酸碱软硬度理论解释了随着甲基自由基逐步被F取代,速率常数不呈规律性变化的原因。  相似文献   

CH_3+O(~3P)反应机理的理论研究     

周玉炳 《河西学院学报》2007,23(2):36-39

利用泛函密度理论方法在B3LYP/6-311++G(d,p)//CCSD(T)/6-311++G(d,p)水平上对CH3+O(3P)反应进行了理论研究.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上优化了反应途径上反应物、中间体、过渡态和产物的几何结构.通过谐振频率和内禀反应坐标(IRC)计算,验证了反应物、中间体、过渡态和产物之间的相关性,并在CCSD(T)/6-311++G(d,p)水平上进行了单点能计算.结构表明,该反应有多个通道,产物分别是H2CO+H,HCO+H2,CO+H+H2和OH+CH2,主要反应通道为c5.这与实验观察到的结果相一致.  相似文献   

噻吩与羟基自由基反应基理的理论研究     

辛景凡  郭志江  闫胜凯  李月超  徐鸿英  刘佳慧  罗冬梅  肖文敏 《赤峰学院学报(自然科学版)》2015,(11)

本文采用密度泛函理论（DFT）在B3LYP/6-311++g(d,p)水平上,对噻吩与羟基自由基的反应机理进行了计算.优化得到了各个驻点的几何构型等,在此基础上采用QCISD (T)/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-311++G(d,p)方法对所有驻点进行了单点能校正.研究结果得到,噻吩与羟基自由基反应主要经过了两个抽氢反应通道,反应产物为C4H3S与H2O.其中邻位抽氢的过程为该反应的主反应过程.  相似文献   

5-氟尿嘧啶与Zn~（2＋）配位选择性的理论研究     

和芹 《唐山师范学院学报》2011,33(2):4-5

在B3LYP/6-31G（d,p）、B3LYP/6-311G（d,p）水平上对5-氟尿嘧啶与Zn2＋配合物几何结构、稳定性进行研究,计算结果显示5-FU…Zn2＋（F12O6）双齿配合物稳定性更高,NBO分析表明5-FU与Zn2＋间配位键以离子作用为主。  相似文献   

基于密度泛函理论的ANB分子简正振动分析     

陶亚萍  梁会琴 《洛阳师范学院学报》2009,28(5):38-40,182

采用密度泛函方法B3LYP/6-311G(d,p)计算了5-氨基-2-硝基苯甲酸分子(ANB)的平衡构型以及振动频率,在定义内坐标、对称坐标的基础上计算了振动频率在各力常数上的势能分布百分比,从而完成分子简正频率的归属指认.  相似文献   

3,5-二甲氧基苯甲醇分子振动光谱的理论计算     

韩运侠  韩礼刚  陶亚萍 《洛阳师范学院学报》2010,29(2):31-35

采用RHF及DFT(B3LYP)方法,选用不同的基组研究了3,5-二甲氧基苯甲醇(L1OH)的平衡几何构型、拉曼及红外光谱.计算结果表明,采用不同方法、不同基组优化得到的几何结构基本一致.采用HF方法计算得到的频率值比用B3LYP得到的高10%左右;采用B3LYP方法选用不同基组计算的结果峰位没有明显变化,只是强度略有差异.根据B3LYP/6-311G(d,p)计算的结果,采用简正振动分析方法得到了各振动频率的势能分布,从而对L1OH分子的振动频率归属做出了全面指认.  相似文献   

C_2(a~3Π_u)自由基与C_2H_6反应的动力学计算     

薛月圆  李战学 《洛阳师范学院学报》2012,31(8):42-45

用密度泛函理论B3LYP方法,在6-311G(d,p)基组下,优化得到C2(a3Πu)+C2H6→C2H+C2H5反应各驻点(反应物、过渡态和产物)的几何构型,对其进行振动分析,并计算了它们的能量.在CCSD/6-311G(d,p)水平下单点能计算得到的反应势垒为24.47kJ/mol.采用传统过渡态理论,计算了温度范围50K～2000K的反应速率常数.实验结果表明,随着反应温度的升高,反应速率逐渐升高,反应的平均活化能也随着温度的不断升高而不断增大.  相似文献   

二甲基硫（DMS）和溴原子反应的机理与动力学研究     

史朝辉 《廊坊师范学院学报(自然科学版)》2012,12(1):51-53

利用双水平QCISD（T）/6-311＋＋G（d,p）//B3LYP/6-311＋G（d,p）量子力学计算方法研究了二甲基硫和溴原子反应的微观反应动力学机理,该反应有3个可能的反应通道。通过计算得到DMS和Br反应生成复合物的平衡常数以及R1,R3在200~2000K温度范围内的反应速率常数,和实验值吻合较好。  相似文献   

苯酚分子的拉曼光谱和简正振动分析     

陶亚萍  韩礼刚 《洛阳师范学院学报》2013,32(5)

采用B3LYP混合泛函和6-311++G(d,p)基函数组,计算了苯酚分子的平衡构型和振动光谱,并与文献中的实验结果进行了比较.利用简正振动分析方法计算了该分子各振动频率的势能分布,从而对其振动频率做出了全面地归属.  相似文献   

5-氟尿嘧啶与Mg2＋配位选择性的理论研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

和芹  周莉  孙建武 《唐山师范学院学报》2010,32(5):1-3

在B3LYP／6-31G（d,p）、B3LYP／6—31IG（d,p）水平上对5-氟尿嘧啶（5-FU）与Mg2＋配合物几何结构、稳定性进行研究,计算结果显示5．FU…Mg2＋（F1206）配合物稳定性更高,NBO分析表明06、09与F12位点孤对电子杂化方式不同,与Mg2＋作用也存在一定差异。  相似文献   

SiC~-(X~2Σ~+)光谱属性的B3LYP研究     

许永强 《赣南师范学院学报》2009,(3)

选择6-311++G(2df,2pd)、6-311++G(3df,3pd)、cc-PVDZ、AUG-cc-PVDZ、cc-PVTZ、AUG-cc-PVTZ基组,应用密度泛函理论的B3LYP方法,对S iC-(X2Σ+)的光谱常数和分子属性进行了详细的理论研究.同时讨论了采用不同基组计算得到的光谱常数和分子属性的数据,并与文献报道的实验与理论数据进行了比较.结果发现,对于S iC-(X2Σ+),采用B3LYP/AUG-cc-PVTZ方法的计算结果与文献报道的数据吻合的最好.部分光谱数据还是第一次给出理论报道.  相似文献   

吡咯与OH反应机理和动力学研究     

《绵阳师范学院学报》2017,(8):10-18

运用量子化学方法研究了吡咯(C_4H_5N)与OH反应的反应机理和动力学性质.采用M06-2X/6-311++G(d,p)方法进行了几何构型的优化.基于M06-2X/6-311++G(d,p)方法优化的几何构型,采用CCSD(T)/cc-p VTZ方法进行了单点能的计算.标题反应存在氢提取和加成/消除两种反应机理.利用RRKM-TST理论研究了总反应速率和分支反应速率随温度和压力的变化关系.研究结果表明加成/消除是最主要的反应途径,并且P2是预测的主要的产物.计算的速率常数与实验值吻合的很好.计算结果表明,在T1 000 K时,形成IM1是最要的反应通道;在T≥1 200 K时,P2是最主要的产物.  相似文献   

11B35Cl和SiC的势能函数     

凌农 《绵阳师范学院学报》2008,27(2):50-53

采用从头计算的方法研究了11B35Cl和SiC的结构和势能函数.对基态的11B35Cl,采用的是CISD/6-311 G*的方法.对基态的SiC分子采用的是B3LYP/6-311 G**的方法.根据CISD方法(对11B35Cl)和B3LYP方法(对SiC)的计算结果,采用最小二乘法拟合出了Murrell-Sorbie势能函数的参数.并得出了力常数和光谱数据.  相似文献   

SiC-(X2∑+)光谱属性的B3LYP研究     

许永强 《赣南师范学院学报》2009,30(3)

选择6-311++G(2df,2pd)、6-311++C(3df,3Pd)、cc-PVDZ、AUG-cc-PVDZ、cc-PVTZ、AUG-cc-PVTZ基组,应用密度泛函理论的B3LYP方法,对SiC-(X2∑+)的光谱常数和分子属性进行了详细的理论研究.同时讨论了采用不同基组计算得到的光谱常数和分子属性的数据,并与文献报道的实验与理论数据进行了比较.结果发现,对于SiC-(X2∑+),采用B3LYP/AUG-cc-PVTZ方法的计算结果与文献报道的数据吻合的最好.部分光谱数据还是第一次给出理论报道.  相似文献   

XN(X=F,Cl,Br,I)系列物种的理论研究     

毕慧敏  游富英 《邯郸师专学报》2007,(3)

通过优化构型和计算电离能对XN(X=F,Cl,Br,I)系列化合物进行了详细深入的讨论.分别采用HF、B3LYP和MP2方法在STO-3G,3-21G,6-311 G(2df,pd)和SDB-aug-cc-PVTZ基组水平上对分子构型进行优化,通过与文献数据的比照,最后选出B3LYP/SDB-aug-cc-PVTZ计算结果与实验值符合得最好.采用外壳层格林函数方法(OVGF)和G2方法分别计算了分子的垂直电离能和绝热电离能.  相似文献   

XN(X=F,Cl,Br,I)系列物种的理论研究     

毕慧敏  游富英 《邯郸学院学报》2007,17(3):62-64

通过优化构型和计算电离能对XN(X=F,Cl,Br,I)系列化合物进行了详细深入的讨论.分别采用HF、B3LYP和MP2方法在STO-3G,3-21G,6-311 G(2df,pd)和SDB-aug-cc-PVTZ基组水平上对分子构型进行优化,通过与文献数据的比照,最后选出 B3LYP/SDB-aug-cc-PVTZ计算结果与实验值符合得最好.采用外壳层格林函数方法(OVGF)和G2方法分别计算了分子的垂直电离能和绝热电离能.  相似文献   

MgS分子的基态(~1∑~+)结构与解析势能函数     

张淑华 《宜宾师范高等专科学校学报》2010,(12)

应用原子分子反应静力学方法推导出了MgS基态分子的电子状态和离解极限,采用密度泛函理论(DFT)的B3LYP方法,分别在6-311++G(df,pd)、6-311++G(2df,2pd)、6-311++G(3df,3pd)和cc-PVDZ等基组下,优化出MgS分子的基态稳定结构为单重态的C∞V构型,得出其相应的平衡核间距、基态的简正振动频率和离解能.并运用量子化学从头计算的方法,计算出各阶力常数和光谱数据,得出MgS分子的解析势能函数,该势能函数再现了MgS平衡结构的准确性.  相似文献   

5-氯-6-苯基-2H-哒嗪-3-酮结构、光谱及热力学性质的理论研究     

徐友辉  陈自然  陶果 《四川职业技术学院学报》2011,21(5):110-112

采用B3LYP/6-31++G**方法对5-氯-6-苯基-2H-哒嗪-3-酮分子进行结构优化及频率计算,获得红外光谱、拉曼光谱、电子吸收光谱和不同温度下的热力学性质.结果显示,该分子的哒嗪环和苯基环不在同一个平面上,有-175.5°的二面角存在,整个分子不具有对称性;该分子的气态热容、熵、焓等热力学性质与温度之间存在很好的函数关系式.  相似文献   

AlC~+和SiC~+基态的分子结构和光谱属性     

许永强 《赣南师范学院学报》2007,28(6):14-17

应用QCISD(T)/6-311++G(3df,3pd)和B3LYP/6-311++G(3df,3pd)方法,对AlC+和SiC+基态的分子结构和光谱属性进行了详细的理论计算.得到了AlC+和SiC+基态的能量,平衡结构,谐振频率.同时根据原子分子反应静力学原理,导出了AlC+和SiC+基态的合理离解极限和离解能.计算结果表明,AlC+和SiC+基态的光谱常数与现有的文献结果基本一致.部分光谱常数是第一次给出理论的报道.  相似文献