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1.
根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。 相似文献
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根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H+-ATPase A亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H+-ATPase A亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cD-NA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H+-ATPase A亚基氨基酸序列同源性高达90%以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
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李裕红 《泉州师范学院学报》2012,30(6):36-42
根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性. 相似文献
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珙桐rbcL基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大. 相似文献
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根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以大豆液泡膜H^＋-ATPaseA亚基基因cDNA序列为信息探针,通过电子克隆得到了蒺藜苜蓿液泡膜H^＋-ATPaseA亚基cDNA,命名为MtVHA-A。该cDNA长2750bp,其中含5’非翻译区220bp,开放阅读框1875bp,3’非翻译区655bp,其推断的编码产物由624个氨基酸组成,理论分子量为69kDa,与蜜柑、番茄、拟南芥、棉花等植物中液泡膜H^＋-ATPaseA亚基氨基酸序列同源性高达90％以上,且有很高的功能区段保守性。 相似文献
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根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明：该基因为放线菌来源chs基因．分别在该基因5＇末端和3’末端分别引入的限制酶NcoI和EcoRI酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple—T／chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点（PI）为5．41、分子量为3965道尔顿含有cHs保守功能区的酸性蛋白质．分析表明,该基因与Streptomyceslividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93％,氨基酸序列相似性高达87．70％．测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中． 相似文献
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利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高． 相似文献
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采集20例南阳牛的血液,采用酚/氯仿法分离白细胞提取基因组DNA,并且对ANGPTL4基因部分序列(677～998 bp)PCR扩增条件进行了优化。结果表明,获得的牛基因组DNA经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测,主条带清晰,表明获得的南阳牛基因组DNA可以用于后续实验;以所提取的基因组DNA为模板,优化ANGPTL4基因片段扩增的条件,结果表明,最理想的PCR扩增条件是模板量为2μL(50 mg/L),Taq聚合酶(5 u/μL)的量为0.8μL,退火温度为56℃,循环次数为35次。 相似文献
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Using degenerate primers and RT-PCR,RACE techniques,a 1491 bp cDNA segment of stearoyl-acyl carrier protein desaturase(SAD)is cloned from developing seeds of Jatropha curcas L.The segment contains a 1191 bp of complete open reading frame(ORF).Analysis in the BLAST on NCB! shows that Jatropha curcas SAD(JSAD)gene encodes a protein precursor composed of a signal peptide of 33 amino acids and a mature peptide of 363 amino acids.The homological analysis shows that JSAD has high level of homology both in nucleotide sequence and in amino acid sequence to other plants SADs.The nucleotide and peptide identity of JSAD to Ricinus communis SAD(RSAD)is up to 89% and 96.2% respectively.Molecular modeling of JSAD indicates that its three-dimensional structure strongly resembled the crystal structure of RSAD. 相似文献
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肌动蛋白（actin）在维持细胞结构、细胞运动和细胞分裂等过程中发挥着重要的作用.为了克隆鳡（Elopichthys bambusa）β-肌动蛋白（β-actin）全长cDNA,采用反转录PCR（RT-PCR）和cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA ends,RACE）技术,从鳡肌肉获得全长为1775bp的β-actin cDNA序列,其中包含1128bp的开放性阅读框,编码375个氨基酸,5′-非翻译（UTR）区为98个核苷酸,3′-UTR区为549个核苷酸.核苷酸与氨基酸的同源性分析发现,鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼的同源性均在98%以上,其中与团头鲂（Megalobrama amblycephala）的同源性最高,分别为98.94%和99.73%,而与其他脊椎类动物如哺乳类、鸟类、两栖类的同源性也分别在85%和97%以上,说明该基因在生物的分子进化过程中具有很高的保守性.采用核苷酸系统发育分析结果显示鳡β-actin与鲤形目类硬骨鱼聚类在一起,且与团头鲂的亲缘关系最近.RT-PCR分析结果显示,β-actin基因在鳡的肝脏、肾、肠、脑、心脏、鳃和肌肉等7个组织均有表达. 相似文献
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以实验室保藏的一株具有溶解血栓能力的芽孢杆菌（LJQ—NK）为出发菌株,通过形态学分析和16SrRNA比对,对菌株进行鉴定,更进一步利用聚合酶链式反应（PCR）克隆纳豆激酶DNA片段⑤16SrRNA比对。结果表明LJQ-NK与已报道的纳豆激酶16SrRNA序列有99．9％以上的同源性,初步认定为一株纳豆芽孢杆菌。克隆获得1120bp的DNA片段,应用DNAMAN软件分析,与已报道的纳豆激酶编码基因（G129164926）存在两个碱基的差异,编码纳豆激酶开放阅读框区域序列完全相同。 相似文献
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从猪肝脏提取基因组作为模板,分别扩增了Klf4、Klf5和Egr2的第3、第2和第1内含子,长度分别为916、1027和1342bp,并通过其两端连接的部分外显子序列与Genbank序列比对加以确认,并和人相应基因内含子作长度和序列同源性比较。结果表明,由内含子比对得出的这些基因在人和猪间的保守程度与这些基因在氨基酸水平上比对得出的保守程度相一致。 相似文献
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Yue ZHANG Hai-peng LV Cheng-ying MA Li GUO Jun-feng TAN Qun-hua PENG Zhi LIN 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2015,16(2):103-112
目的:从茶树中克隆一种可以催化表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)生成甲基化EGCG的酶——咖啡酰辅酶A氧甲基转移酶(CCo AOMT),实现甲基化EGCG的酶学合成,为甲基化EGCG的进一步开发利用提供理论依据和技术指导。创新点:本研究首次从茶树中克隆了一条CCo AOMT基因组序列;分析了CCo AOMT基因在不同茶树品种和不同成熟度茶鲜叶中的基因表达规律;证明了CCo AOMT具有催化合成甲基化EGCG的生物活性。方法:采用聚合酶链式反应(PCR)和序列分析获得CCo AOMT的编码序列和基因组序列;采用高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱技术(HPLC-QTOF-MS)分析酶促反应生成的甲基化EGCG产物(图4);采用实时荧光定量PCR分析CCo AOMT基因的表达差异(图5)。结论:本研究从茶树中克隆了CCo AOMT基因的编码序列(738 bp)和基因组序列(2678 bp),明确了该基因具有4个内含子和5个外显子;揭示了CCo AOMT可以催化EGCG生成EGCG4"Me、EGCG3"Me和EGCG3’Me等多种甲基化产物;证明了CCo AOMT具有催化生成甲基化EGCG的活性;并发现该基因的表达量高低与茶鲜叶的成熟度呈正相关关系。 相似文献
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采用PCR和染色体步移法克隆了鳡（Elopichthys bambusa）肌肉生长抑制素长789 bp的内含子1、987 bp的内含子2及长662 bp的部分上游启动子序列.同源性比对分析表明,鳡MSTN的内含子1、2与鲤科鱼类的同源性相对较高（内含子1：60.42%～67.21%;内含子2：40.00%～51.21%）,与其他鱼类、鸟类以及哺乳类动物的同源性则较低.生物信息学方法预测鳡MSTN的部分启动子序列中含有2个近转录起始点的TBP（TATA框）、2个CTF（CAAT框）、3个Sp1、10个C/EBP、4个Oct1、2个潜在AP1的结合位点,此外还存在1个GATA、3个HNF1、1个NF-κB和1个CREB等多种转录因子结合位点以及3个E-框. 相似文献
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以新牧1号苜蓿为研究材料,采用RT-PCR方法,设计特异引物,从新牧1号苜蓿中克隆获得MvDREB基因cDNA,测序结果该片段全长为651 bp,Genbank登录号为GU073286.生物信息学分析结果表明,该基因序列与紫花苜蓿核苷酸序列相似度达99%,编码216个氨基酸,MvDREB蛋白氨基酸序列分析比对显示该蛋白属于AP2/ERF家族的亲水性核蛋白,蛋白质分子量为24873.1,理论等电点pI为5.90,不稳定参数为45.07. 相似文献