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1.
本文从s wiss-prot中选取经过试验验证的水稻蛋白质磷酸化位点数据作为训练集合,应用蛋白质序列的氨基酸频率计算方法来进行特征提取,再利用SVM算法构建专门针对水稻蛋白质磷酸化位点的预测新工具.氨基酸频率算法指的是计算出相应待预测磷酸化位点附近氨基酸的出现频率,进一步反映了残基之间的相关性.本文利用LibSVM软件包对已通过氨基酸频率算法特征提取出来的数值特征对磷酸化位点进行预测,从而为之后构建水稻蛋白质磷酸化位点的预测工具做准备.结果表明,本文基于SVM和氨基酸频率方法的水稻蛋白质磷酸化位点预测在丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸的平均预测准确性为77.665%,马修斯系数为0.571.与PlantPhos和Musite的预测性能的对比结果显示,在磷酸化苏氨酸位点的预测性能显著高于PlantPhos及Musite. 相似文献
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对家蚕中一未知基因进行生物信息学分析,结果显示:该基因开放阅读框大小为858 bp,编码285个氨基酸,预测分子量为31.1kD,等电点为4.75;该基因编码蛋白含有TPR(Tet ratrico Peptide Repeat)结构域,具有个蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶11磷酸化位点、肉豆蔻酰基化位点,糖基化位点及cAMP和cGMP依赖蛋白激酶磷酸化功能位点. 相似文献
3.
目的:寻找雄性大鼠应激模型中潜在的睾丸蛋白标记物,探索评估男性生殖能力新的参数。创新点:压力可以影响男性生育能力,但其具体机制尚未明了。睾丸组织中酪氨酸磷酸化蛋白在精子形成过程中扮演着重要的角色。本研究首次利用动物模型说明了压力对睾丸组织中酪氨酸磷酸化蛋白表达的影响,进而探索评估男性生殖能力新的参数。方法:雄性SD大鼠被随机分为对照组和束缚应激的实验组。实验组大鼠每天禁足12小时,持续7天。观察比较两组类固醇激素、精子密度、生殖系统形态学和组织学的差别,同时利用免疫印迹方法比较两组睾丸组织裂解产物中急性类固醇调节蛋白和酪氨酸的表达差别(早期在支持细胞中表达,后期在精子细胞中表达)。结果:实验组大鼠的睾酮水平和精子密度较对照组均显著降低,而精子畸形率和皮质酮显著升高。组织学比较发现实验组大鼠精子团数量减少并且出现输精管萎缩。两组大鼠睾丸组织中酪氨酸磷酸化蛋白的表达具有显著差异,实验组95 k Da的磷酸化蛋白表达量显著降低,但两组急性类固醇调节蛋白的表达没有显著差异。结论:本研究证明束缚应激可使大鼠睾丸组织磷酸化蛋白表达降低,并相应伴随着生殖能力参数的降低。这也许可以从一个方面解释压力对男性不育的影响。 相似文献
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目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析.方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP 3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化.结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对(bp),编码293个氨基酸.猪IGFBP3蛋白分子式为C1359 H2182 N418 O411 S24,相对分子质量为31722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592.IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲(65.87％)和α螺旋(20.82％)为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物(IB)结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复(T Y)结构域,有26个磷酸化位点(包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点)和3个N-糖基化位点.序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2％、90.8％、87.8％、87.8％、87.2％、86.9％、82.3％、81.2％、73.9％ 和73.3％.系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近.结论:预测结果为进一步研究猪IG FB P3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础. 相似文献
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双特异性磷酸酶（Dual Specificity Phosphatase）是酪氨酸磷酸酶家族中的一员,这个家族中的成员既能对磷酸化酪氨酸去磷酸化,也能对磷酸化丝／苏氨酸去磷酸化．此外,它们还在有丝分裂原激活蛋白磷酸酶信号途径（MAPK）中起重要生理功能．为了制备抗人双特异性磷酸酶的单克隆抗体（mAb）,以DUSP18重组蛋白为抗原免疫BALB／e小鼠,通过B淋巴细胞杂交瘤技术制备抗相应磷酸酶的mAb．用Western blot检测mAb对重组蛋白和细胞中天然磷酸酶的反应性,共获得6株可稳定分泌抗磷酸酶mAb的杂交瘤细胞株,为进一步研究双特异性磷酸酶的去磷酸化作用机理以及其在有丝分裂原激活蛋白磷酸酶信号途径（MAPK）中的信号转导提供强有力的工具． 相似文献
6.
班树荣 《忻州师范学院学报》2008,24(2):3-8
蛋白酪氨酸磷酸酶催化蛋白质酪氨酸去磷酸化反应,在调控细胞生命活动中起着重要作用.蛋白酪氨酸磷酸酶的生理功能与诸多人类疾病有密切关系,例如癌症、神经系统疾病、糖尿病和肥胖等.蛋白酪氨酸磷酸酶已经成为治疗上述疾病的靶标.文章综述了近年来蛋白酪氨酸磷酸酶抑制剂的研究进展. 相似文献
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旅行时间是交通系统中一个重要的测量指标,精确的旅行时间预测对智能交通系统和先进交通信息系统发展有重要意义。数据采集技术为旅行时间计算提供了海量实时交通数据,如何利用海量实时交通数据精确且快速预测旅行时间成为当前旅行时间研究中的一个热点问题。基于海量的车牌识别数据,在Hadoop框架下,用MapReduce编程模型,应用卡尔曼滤波法实现对路段旅行时间的预测,和其它算法对比,该算法预测准确性有显著提高。 相似文献
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PTP-1B是1988年被分离的一种蛋白质酪氨酸磷酸酶,它通过对胰岛素受体激酶活化部位(IRK)酪氨酸残基(pTyr)的去磷酸化来介导胰岛素信号.蛋白质酪氨酸磷酸化在信号转导的过程中起着关键作用,它通过在信号传导中的负调节功能导致个体胰岛素抵抗,从而发生糖脂代谢紊乱,进一步形成2型糖尿病.我国现有糖尿病患者约4000万,其中90%以上为2型糖尿病.21世纪2型糖尿病将成为中国、印度等亚太人口大国的流行病.随着对PTP-1B作用机理认识的逐渐深入,研究者发现它是2型糖尿病治疗的一个理想靶位点,为2型糖尿病发病机理和预防治疗研究提供了一条新的线索.该文综述了PTP-1B在基因结构、基因产物和生物学功能等方面的最新研究进展. 相似文献
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固有无序蛋白是一类具有柔性结构的蛋白质,许多情况下通过与其它物质相互作用形成稳定结构来发挥重要生物功能.本文分别利用基于序列特征和结构特征的蛋白质结合位点预测程序对固有无序蛋白有序区和无序区与核酸分子的结合位点进行了预测分析.结果发现,基于结构特征的结合位点预测方法整体上要优于基于序列特征的预测方法,表明无序区尽管缺少稳定空间结构,结构特征依然在固有无序蛋白结合位点中发挥了重要作用.因此,可以为今后固有无序蛋白序列特征及结构特征的提取提供可靠依据. 相似文献
10.
孙禾 《辽宁科技学院学报》2008,10(3):1-3
为提高网络流量预测的效率和准确性,提出基于数据挖掘的网络流量动态预测方法。在对网络流量数据进行相空重构的基础上,采用基于神经网络的数据挖掘方法实现流量动态预测。实验表明：这种方法有较好的预测精度,为网络性能异常的预警行为研究奠定良好的基础。 相似文献
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Sitthichai IAMSAARD Jaturon BURAWAT Pipatpong KANLA Supatcharee ARUN Wannisa SUKHORUM Bungorn SRIPANIDKULCHAI Nongnut UABUNDIT Jintanaporn WATTATHORN Wiphawi HIPKAEO Duriya FONGMOON Hisatake KONDO 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2014,(6)
研究目的:研究蝶豆花提取物的抗氧化活性及其对酮康唑(KET)诱导雄性大鼠睾丸损伤的保护作用。创新要点:对蝶豆花提取物保护酮康唑引起的雄性动物睾丸损伤进行研究,为减轻抗真菌药物酮康唑的生殖毒性提供理论依据和解决途径。研究方法:采用2,2-二苯基-1-苦肼基自由基(DPPH)分析法和亚铁还原能力实验法(FRAP)来测定蝶豆花提取物的抗氧化活性。在为期28天的动物试验中,前21天为预防期,第21至28天为KET诱导期。整个试验期中,对雄性大鼠进行蝶豆花提取物(0、50、100 mg/kg BW)灌胃饲养;在诱导期,同时腹腔注射KET(100 mg/kg BW)。试验结束后,测定睾丸、附睾和输精管以及精囊的重量、血清睾酮水平、精子浓度、组织结构、睾丸的直径和睾丸酪氨酸磷酸化水平。重要结论:蝶豆花提取物具有清除DPPH自由基能力和较高的还原能力,其在100 mg/kg BW下对雄性大鼠生殖系统无毒。50、100 mg/kg BW蝶豆花提取物能改善KET引起的生殖器官重量下降、血清睾酮水平和精子浓度,降低KET引起的睾丸损伤。与其他组相比,100 mg/kg BW蝶豆花提取物能显著提高睾丸中50-kDa的酪氨酸磷酸化蛋白的表达。由此可见,具有抗氧化活性的蝶豆花提取物不会损伤雄性生殖系统,而且具有保护KET诱导大鼠睾丸损伤的作用。 相似文献
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目的:探讨铝毒性拟阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)小鼠诱导发生发展过程中小鼠海马组织中磷酸酶与张力蛋白同源基因(phosphatase and tensin homolog deleted on chromosome 10,PTEN)以及磷酸化PTEN 水平的动态变化.方法:侧脑室注射(icv)0.5% AlCl3 溶液(溶解在人工脑脊液中)2 μL,每天1 次,连续5 d,诱导实验性AD 小鼠模型;末次icv 后d 2、d 7 采用避暗法,d 23～d 30 天采用Morris 水迷宫法检测小鼠学习记忆能力;Western Blotting 法测定小鼠海马组织PTEN 及磷酸化PTEN 蛋白的水平.结果:模型组小鼠被动回避能力及空间学习记忆能力呈进行性障碍.在末次icv 后d 2、d 7 2 个时间点上,模型组小鼠脑内海马组织PTEN、磷酸化PTEN-Ser380 蛋白水平与对照组比较均未见显著差异;而在d 30 时间点上,模型组小鼠海马组织Ser380 位点磷酸化PTEN 蛋白水平显著低于对照组,但PTEN 蛋白水平未有显著差异.结论:铝毒性拟AD 小鼠模型发展后期其海马组织磷酸化PTEN 蛋白水平显著降低. 相似文献
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目的:探讨Phyllanthus emblica L.(PE)叶提取物对慢性应激大鼠睾丸损伤和相关蛋白标志物变化的影响。方法:将成年雄性大鼠分成四组:对照组、慢性应激(CS)组和两组PE提取物治疗组(50或100mg/kg体重(BW))。对各组的精子质量、睾丸和尾附睾的组织学特征、以及血清皮质酮、睾酮和丙二醛(MDA)的水平进行分析比较。并使用免疫印迹分析研究睾丸类固醇合成快速调节蛋白(StAR)和酪氨酸磷酸化蛋白的表达。结论:结果显示,50mg/kgBW的PE能显着增加精子浓度和睾酮水平,同时降低CS大鼠中皮质酮水平、MDA水平、以及精子头异常和顶体反应精子的比例。此外,两种剂量的PE都能缓解CS大鼠的睾丸组织病理学特征。同时我们还发现,50 mg/kg BW的PE可以显著提高StAR蛋白的表达,并改变睾丸中部分酪氨酸磷酸化蛋白的强度。总之,50 mg/kgBW的PE叶提取物可以预防CS大鼠的睾丸损伤。 相似文献
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应用偏最小二乘法,研究了在微弱荧光信号情况下不同的预处理方式和不同建模光谱区间对色氨酸和酪氨酸溶液浓度定量分析结果的影响,发现预处理方式采用平滑、减黑暗响应和减直线操作,然后建模光谱区间采用300-500nm范围内取极值点并对300-400nm进行间隔10nm取值时得到最佳的建模效果.实验最终取得了良好的预测效果:酪氨酸浓度的平均预测误差为5.9%,色氨酸浓度的平均误差为8.1%. 相似文献
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Ke He Yong-Ping Xin Ying Shan Xian Zhang Hou-Hui Song Wei-Huan Fang 《Journal of Zhejiang University. Science. B》2019,(8):660-669
目的:探明单增李斯特菌RsbR的两个保守磷酸化位点是否影响SigB(sigmaB)的表达.创新点:解析了RsbR在单增李斯特菌中SigB网络调控中的作用.方法:通过基因缺失、定点突变和回补技术构建rsbR基因缺失株、回补株和回补突变菌株,进行酸应激条件下的生长能力和强酸条件下的存活能力试验,并检测在酸应激下菌株中的SigB基因和蛋白表达的改变情况.结论:RsbR缺失能够显著降低单增李斯特菌的抗酸应激能力和下调SigB表达,RsbR-175位点是SigB调控途径中RsbT释放的先决条件. 相似文献
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链路预测具有重大的应用价值,是复杂网络中的研究热点.本文在随机人工网络、无标度人工网络和真实数据集上,在网络社团结构对链路预测算法的准确性的影响方面进行了大量的实验,实验结果显示链路预测算法的准确性不仅与算法设计的本身有关系,而且与测试算法精确度的网络社团结构密切相关,即链路预测算法准确性随网络社团模块度Q值增加而增加.本研究将为未来链路预测算法的设计和完善提供指导意义,同时也为链路预测中选择合适的预测算法提供指导. 相似文献
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采用BP神经网络建立灰铸铁钻削过程的切削能耗与切削参数之间的关系模型,并建立三元线性回归预测模型,对两种预测模型预测结果的准确性进行比对分析。考虑切削参数之间的交互作用建立三维表面图,对比分析钻削过程的切削能耗与切削参数的变化规律。结果表明,通过训练的BP神经网络在预测切削能耗方面具有更好的准确性,对钻削过程的切削能耗预测研究具有一定应用价值和指导意义。生产实际中,从减小切削能耗的角度分析,在满足加工质量的前提下,钻削灰铸铁时应优先选择较大的进给量和切削速度。 相似文献
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随着硕士研究生考试初试难度越来越大,影响考研结果的因素众多,以安徽建筑大学建筑类设计专业高校学生为研究对象,以本科毕业生的在校成绩和考研初试成绩作为样本数据,通过Logistic回归分类算法、SVM支持向量机算法、KNN算法三种实验建模测试对比,寻找对应变化规律,提高考研初试成绩变量之间的关联性,从而得出预测结果,从平均预测误差看,Logistic回归分类算法的预测方法具有较高的适应力和稳定性,准确性更适合初试无高数科目的建筑类设计专业高校学生。得出要特别注重加强对专业课、课程设计的学习,同时对政治和英语注意学习态度的结论。为帮助其预测学业发展趋势、制定职业生涯规划上提供数据支撑。 相似文献
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