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1.
为研究斜纹夜蛾核型多角体病毒（Spodoptera litura muhicapsid nucleopolyhedrovirus．SpltMNPV）侵染规律,根据SphMNPV中国株（G2）ORF135基因序列设计引物,经PCR扩增,从SpltMNPV日本株（B）基因组中克隆了pif-2基因。核苷酸序列分析表明,该基因是甜菜夜蛾核型多角体病毒（Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus,SeMNPV）pif-2的同源物,读码框含1278bp,编码425个氨基酸的蛋白质,推定分子量为48．6kD。与其他杆状病毒的同源物比对显示．SpltMNPV-JP-B PIF-2蛋白中14个Cys残基高度保守。联配分析表明,SphMNPV-JP-B pif-2的核苷酸序列与其他13种核型多角体病毒的同源性有较大差异。将pif-2克隆至原核表达载体pET32a（＋）,经IPTG诱导后在大肠杆菌BL21中获得了融合表达,SDS-PAGE分析表明在约69kD处有特异性表达条带,经Western blot验证该蛋白即为融合表达的目的蛋白。 相似文献
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3.
藻蓝蛋白是红藻和蓝绿藻中一种重要的捕光色素蛋白．克隆了编码极大螺旋藻藻蓝蛋白α和β两个亚基的基因，序列分析表明该基因全长为1119bp．β亚基基因位于α亚基基因上游，两个亚基基因序列长度分别为519bp和489bp，中间被111bp的基因片段间隔．除编码α和β两个亚基的开放阅读密码框外，还存在两个潜在的开放阅读密码框，但这两个密码框的意义还不清楚．比较了该藻蓝蛋白氨基酸序列和来自于其他藻类的藻蓝蛋白氨基酸序列的同源性以及藻蓝蛋白α和β两个亚基之间氨基酸序列的同源性，总的来说其同源性在45．9％．99％之间，α和β两个亚基氨基酸序列同源性为27．1％．藻蓝蛋白包含许多疏水性氨基酸，这些疏水性氨基酸在藻胆蛋白的聚集过程中起着极为重要的作用．分析表明编码藻蓝蛋白α和β两个亚基基因的密码子显示出非对称性． 相似文献
4.
大豆花叶病毒杭州分离物基因组全序列测定及其结构分析 总被引：7，自引：0，他引：7
测定了大豆花叶病毒杭州分离物（SMV－HZ）的基因组全序列。该病毒基因组全长9588个核苷酸，3‘末端具poly(A)尾，包含单一开读框，编码一个350.07kD的多聚蛋白。基因组全序列与美国SMV G2、G7、N株系及我国黄淮5号株系（Y5）的核苷酸同一性分别为93％、93％、94％和96％。多聚蛋白酶解后产生马铃薯Y病毒属典型的10成熟蛋白。SMV－YZ与G2、G7、N的不同成熟蛋白间的氨基酸同一性为89％－100％；SMV－HZ与Y5的不同成熟蛋白间氨基酸同一性则较高，达97％－100％。多重分析显示了SMV－HZ与G2、G7、N、Y5之间的序旬差异，G2、G7的P1蛋白氨基酸序列明显不同于其他株系，对SMV－HZ与我国其他株系。对SMV－HZ与我国其他分离物也进行了序列比较，对CP蛋白氨基酸序列的系统进化树分析表明SMV－HZ与BJ分离物的亲缘性最高。 相似文献
5.
从斜纹夜蛾核多角体病毒（Spodoptera litura multicapsid nucleopolyhedrovirus,SpltMNPV）日本株（C3）基因组中克隆了ie0基因。核苷酸序列分析表明,该克隆片断涵盖了864 bp的读码框及5′端启动子区475 bp和3′端终止区90 bp的序列。氨基酸序列分析显示,在SpltMNPV IE0蛋白N-端23～47位以及111～126位富含酸性氨基酸和疏水性氨基酸残基,C′端第225～271位具有典型的CX2CX14CCX4CX2CX15CX2C双锌指基序,该结构在所比较的9个昆虫杆状病毒IE0蛋白中是十分保守的。联配分析表明,SpltMNPV日本株（C3）的核苷酸序列和氨基酸序列与其他9种核多角体病毒的同源性有较大差异。以ie0基因为基础绘制的杆状病毒分子进化树将家蚕核多角体病毒（Bombyx mori Nu-cleopolyhedrovirus,BmNPV）与苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒（Autographa californica multicapcid nucle-opolyhedrovirus,AcMNPV）归到同一分枝,这与以p10、gp37和egt基因为基础绘制的杆状病毒分子进化树结果一致。并进行了大肠杆菌表达和Western Blotting分析。 相似文献
6.
根据鸡白细胞介素18（IL-18）cDNA基因序列设计了1对特异性引物，应用RT-PCR技术，从脂多糖（lipopolysaccharide，LPS）刺激的我国地方品种萧山鸡原代鸡脾细胞中扩增并克隆鸡IL-18全长基因（Genbank accession，AY628648）。扩增片段全长591bp，共编码197个氨基酸的前体蛋白，其中含有表达完整功能蛋白所必需的起始密码子和终止密码子。该序列与国外报道的鸡IL-18全长基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性为98．99％。只在引导序列中出现两个氨基酸残基的缺失，分子进化分析表明萧山鸡IL-18基因与火鸡以及家鸭基因形成一个独立的分支。将萧山鸡IL-18成熟蛋白序列插入pGEX-4T-2载体并在Ecoli中得到表达，获得45kD的GST-IL-18融合蛋白。经纯化后用于制备多克隆抗体。本研究对萧山鸡白细胞介素18的全长基因进行了克隆及表达，并对其分子进化进行了分析。为深入研究其功能奠定了基础。 相似文献
7.
在自然感病的蚕豆中检测到2条主要dsRNA条带（dsRNA1和dsRNA2）,采用改进的单引物扩增法（modified single primer amplification technique,M-SPAT）获得其全长cDNA,克隆测序后,与GenBank中的已知序列进行分析比对,结果显示：它们编码的蛋白分别与已经报道的野豌豆潜隐病毒（Vicia crypticvirus,VCV）的复制酶（RNA-dependent RNAploymerase,RdRp）和外壳蛋白（capsid protein,CP）的相似度分别为99%和100%。序列进化树分析进一步表明：dsRNA1与dsRNA2组成野豌豆潜隐病毒中国分离物的基因组。 相似文献
8.
为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析.结果显示:S8由1328 bp构成,具有一个编码390个氨基酸残基的开放阅读框;在BmCPV1-SZ S8的编码氨基酸序列与BmCPV1-I和BmCPV1-H的一致性达93%,但与其他非CPV1型的相似程度较低;在推导的蛋白的氨基酸序列中间区域;具有E-丰富和P-丰富的区,域,其局部区域的氨基酸序列与某些蛋白的功能(细胞周期控制、蛋白降解和RNA降解)区域的序列具有一定的相似性;结构域家族分析显示,BmCPV1-SZ S8编码蛋白属GcrA家族,具有与DNA结合的HTH结构域.Blocks分析显示,S8编码蛋白同时具有DNA聚合酶家族、RNA聚合酶2的结构功能域;高级结构分类显示,S8编码蛋白具有与TIM桶酶、肽酶、核苷三磷酸水解酶相似的同源结构.推测该蛋白具有转录调控因子和多功能酶的功能.基于S8编码的氨基酸序列的进化分析显示,相同类型的CPV聚为一类,同一宿主不同类型的CPV相距较远,推测CPV主要根据其类型聚类,而宿主昆虫对聚类的影响相对较小. 相似文献
9.
人类疾病的基因治疗 总被引：1，自引：0，他引：1
基因是细胞内遗传物质的功能单位。脱氧核酸(DNA)是基因的物质基础。DNA分子上排列着各种不同基因,构成人体基因组。它携带着细胞内的所有蛋白质的遗传信息,编码支配细胞生长、分化的一切指令。因此,在生命过程中它起着主宰的作用。遗传信息按分子生物学的中心法则传递和表达。即DNA的脱氧核苷酸序列忠实地被拷贝成相应的核苷酸序列信使RNA(mRNA)。这个过程叫做基因转录。然后,再以mRNA为模板翻译成具有相应氨基酸序列的蛋白质,此过程叫做基因翻译。上述转录和翻译过程就是所谓的基因表达。基因表达受多种因素调控,只有在适当的时间和部位表达适当量的蛋白质才能发挥其正常功能作用, 相似文献
10.
目的本研究主要是了解菊叶香藜psbA基因的分子结构,以及为菊叶香藜的分类学提供分子数据。方法文章通过生物信息学分析软件,对菊叶香藜psbA基因全序列进行分析,预测出氨基酸序列、统计序列组分、编码蛋白理化性质、亲疏水性、跨膜区域、二级结构、三级结构、密码子偏好性等。结果菊叶香藜psbA基因编码序列长度为1059bp,GC含量为41%,共编码353个氨基酸,最多的为丙氨酸(A),为35个(9.9%),不含有赖氨酸,符合psbA基因的特征。二级结构包含α-螺旋(57.51%),β-折叠(4.82%),β-转角(37.68%)。psbA基因编码蛋白为疏水性蛋白,包含7个跨膜区域,是非酶类转运蛋白。psbA基因密码子偏好性水平相对较弱,主要受到选择作用、表达水平和蛋白质长度的影响。psbA系统发生树结果显示,菊叶香藜未与藜属其它植物归为一类。结论因此,根据菊叶香藜生物信息学特征和系统发生树结果,支持将菊叶香藜归到刺藜属中。 相似文献
11.
Zn/Cd超富集植物天蓝遏蓝菜(Thlaspi caerulescens)中TcCaM2基因的克隆及在酵母中的重金属耐受性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从重金属超富集植物天蓝遏蓝菜(T. caerulescens)Cd胁迫的cDNA文库中，通过基因表达的差异筛选得到的阳性克隆之一，核苷酸序列分析表明与拟南芥CaM2的相似性高达92%，故命名为TcCaM2(T. caerulescens CaM2, GenBank No. EF053035)。其核苷酸序列与迄今已知的钙调蛋白基因同源率在83%以上，其氨基酸序列同源性高达95%以上，与大多数高等植物的CaM，如印度芥菜、拟南芥、水稻等同源性则更高。将TcCaM2基因置于酵母表达启动子之下，构建酵母表达载体，并将其转入重金属敏感型酵母突变菌株，酵母重金属耐受实验表明，TcCaM2在酵母中的过量表达提高了酵母对Co2+或Ni2+的耐受性，增加了对Cd2+的敏感性，对Zn2+胁迫抗性稍有增加但差异不显著；说明TcCaM2通过其对重金属离子的结合作用及在信号转导系统中的功能，在植物细胞对重金属的富集、耐性中发挥了重要的调节作用。 相似文献
12.
Suvidya H. Ranade Ashraf Hossani D. N. Deobagkar D. D. Deobagkar B. A. Chopade Pramod S. Khandekar 《Indian journal of clinical biochemistry : IJCB》2009,24(2):142-149
We report complete sequences of 2 genes of S.flexneri 1a an Indian isolate for the first time. Shigella is causative agent
of shigellosis or bacillary dysentery. Genomic library was constructed by shotgun approach. Sequencing was carried out using
Big Dye terminator chemistry using ABI 3730 48 capillary DNA analyzer. 170 recombinants were subjected to nucleotide sequencing.
Sequence data was analyzed, of these 2 clones showed presence of complete genes out of the total clones sequenced. Annotations
were done using various bioinformatics tools. Gene Sfo676 on contig SF21B11, 513 bp long codes for a protein 170 aa long with
molecular weight of 18836.5 daltons. The protein is 99 % identical to S. flexneri 2a 301 and not with any other strain of
Shigella. It has 7 different sites for phosphorylation, myristoylation and glycosylation. Predicted cellular localization
is cytoplasmic membrane. SF0368 is another full-length gene SF0368 on contig SF69C1 is a 312 nucleotide long. It is 103 aa
long with molecular weight 11394.0 daltons. Protein is 100% identical to S. flexneri 2a 301 and 99% with S. sonnei strain
046. The gene shows difference when compared with S.sonnei in mono and dinucleotide frequency as well as amino acid composition. 相似文献
13.
D. Saravanakumar N. Elangeswaran S. Senthilkumar G. Vanaja S. Kamakshiammal C. Chandrasekar C. N. Deivanayagam Manjula Sritharan V. Sritharan 《Indian journal of clinical biochemistry : IJCB》2000,15(2):94-103
We have isolated and identified the biotype of environmental mycobacteria from the expectorate of leprosy patients, their
contacts, their drinking water supply and also from the sputa samples of tuberculosis patients. 78% of the isolates from lepromatous
leprosy patients and their contacts wereMycobacterium fortuitum- chelonae complex (MFC), 9%Mycobacterium avium complex (MAC), 9%Mycobacterium scrofulaceum and 4% wereMycobacterium smegmatis. Among the isolates from tuberculosis patients 63% belonged toM. fortuitum- chelonae complex, 19% toM. avium complex, 12% toMycobacterium Kansasii and 6% toM. smegmatis. All the isolates were multi-drug resistant when tested for sensitivity total of 21 drugs. TheMycobacterium fortuitum-chelonae complex organisms from leprosy contacts were more sensitive to rifampicin than those isolated from lepromatous leprosy and
tuberculosis patients. Among 23 isolates from leprosy patients one isolate was resistant to 20 drugs, one isolate to 17 drugs
and another isolate was resistant to 13 drugs. Among the 18 isolates from drinking water supply six showed resistance to more
than 12 drugs. Polymerase Chain Reaction (PCR) and subsequent hybridisation with specific probes confirmed all the isolated
strains as nontuberculous mycobacteria (Using genus primers and probe sensitivity 100%) and none asM. tuberculosis, suggesting that PCR could be used to rapidly identify mycobacteria at the genus level and to rule out tuberculosis in leprosy
patients at an early stage to decide on appropriate course of therapy. 相似文献
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三种百合线状病毒的外壳蛋白抗血清制备 总被引：1，自引：0，他引：1
设计3对表达引物分别扩增侵染了百合无症病毒（lily symptomless virus，LSV）．百合斑驳病毒（lily mottle virus，LMoV）和百合X病毒（lily virus X，LVX）的外壳蛋白基因，并在大肠杆菌BL21（DE3）plysS中原核表达。目的蛋白切胶后免疫小鼠制备多克隆抗体。Western blot检测表明3种病毒抗血清分别与目的蛋白起特异性反应．但与阴性对照无反应。3种病毒间无交叉血清学反应。对田间栽种的百合样品间接ELISA检测表明．LMoV和LSV均有发生，但没有检测到LVX。 相似文献
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成都平原西部土壤全磷的剖面分布及主控因素 总被引：2，自引：0，他引：2
掌握土壤性质的剖面分布特征是认识土壤元素分布与迁移的重要前提。基于134个土壤剖面的523个采样数据,结合地统计学方法和GIS技术,分析了成都平原西部1m深土壤全磷的剖面分布特征,并揭示了成土母质、土壤类型（亚类和土属）和土地利用方式对土壤全磷剖面分布的影响作用。结果表明,成都平原西部土壤全磷含量较高;0~20cm土壤全磷均值含量为0.89g/kg,显著高于20~40cm （0.59g/kg）、40~60cm（0.48g/kg）和60~100cm（0.48g/kg）土壤全磷均值含量。各层土壤全磷具有一致的空间分布格局,呈现出由东北向西南逐渐降低的空间分布趋势。土壤全磷块金系数在30.65%~68.24%之间,具有中等程度的空间变异性,其空间变异受随机性因素和结构性因素共同影响。不同成土母质、土壤类型及土地利用方式土壤全磷均呈现出表聚趋势。成土母质、亚类、土属和土地利用方式是影响研究区土壤全磷空间变异的重要因素,可分别独立解释其9.6%~32.3%、6.0%~16.9%、8.9%~32.6%和4.2%~6.1%的空间变异。在土壤分类单元中,土属的解释能力大于亚类,可作为探究影响成都平原区土壤全磷剖面分布的基本分类单元。成土母质与土属的解释能力相近,是影响研究区土壤全磷剖面分布的主控因素。 相似文献
16.
超嗜热菌Aquifex aeolicus 亮氨酰-tRNA 合成酶(αβ-LeuRS) 是已知的唯一的双肽链LeuRS。通过αβ-LeuRS和大肠杆菌LeuRS相应肽段的重组和重组酶性质的研究发现，αβ-LeuRS的α亚基C末端36个氨基酸对于αβ-LeuRS的氨基酰化活力至关重要。αβ-LeuRS的两个亚基人为融合得到的单亚基酶SLeuRS-αβ，具有完全的野生型双亚基酶活力，其热稳定性显著增强。同时，通过亚基重组揭示了LeuRS 对于不同种属的tRNALeu的识别元件位于α亚基内，而其中的CP1 结构域不仅是LeuRS 行使编校功能的结构基础，对于LeuRS识别不同种属来源的tRNALeu 也是十分重要的。通过不同来源的LeuRS一级结构比较，克隆了单独的CP1结构域组成的肽(CP1),发现唯有A. aeolicus αβ-LeuRS 的CP1对错误的氨基酰化产物具有体外编校功能。它与其它3种来源于细菌LeuRS的CP1都能够编校误氨基酰化的古老形式的亮氨酸小螺旋 (minihelixLeu)。通过同源序列比较发现，在αβ-LeuRS的CP1内存在一个由20个氨基酸组成的特异的结构模体，它对CP1发挥体外编校功能必不可少，引入原本不具有体外编校功能的E. coli的CP1 后则可使其获得编校功能，但是该模体不影响全酶的编校功能。αβ-LeuRS中与tRNA结合有关的亚基－β亚基也可以赋予E. coli CP1编校功能。这些研究结果充分表明，来源于古老的超嗜热菌A. aeolicus 的αβ-LeuRS 保留了进化的遗迹－具有编校活力的CP1和与其编校功能密切相关的由20个氨基酸组成的特异的结构模体，它们在进化过程中随着其它结构域招募进合成酶中而逐渐失去了对全酶编校功能的作用。这一发现有力地支持了aaRS通过纳入新的结构域以加速进化过程的理论，并且也从不同角度为aaRS/tRNA共进化理论提供了可靠的依据。 相似文献
17.
The white spot syndrome virus (WSSV) is one of the deadly pathogens of penaeid shrimps and other crustaceans. The WSSV virion
consists of an enveloped rod-shaped nucleocapsid enclosing a large circular double stranded DNA genome of 305 Kb with 181
open reading frames. The two major structural genes, VP19 and VP28 were amplified from the genomic DNA of Chinese isolate
of WSSV and cloned in pUCm-T vector and sub cloned in pET-30a (+) vector. The expressions of genes inE. coli (BL21) were confirmed by SDS-PAGE analysis. The clones were sequenced, submitted to the gene bank and the Xiang Shan strain
of WSSV were compared with the previous reported sequence of WSSV of various regions which revealed that VP19 and VP28 gene
sequences had certain differences from the sequences of similar genes of the isolate already reported. The recombinant proteins
expressed, purified and characterized. 相似文献
18.
Nivedita Bir Anubha Paliwal K. Muralidhar P. Usha Sarma 《Indian journal of clinical biochemistry : IJCB》1999,14(2):149-158
An 18kDa protein was identified as a major immunodominant allergen/antigen secreted by a wild type isolate and various clinical
isolates ofA. fumigatus. The protein was purified to homogeneity and the N-terminal amino acid was found to be alanine. The N-terminal 20 amino acid
sequence of 18kDa was found to be similar to restrictocin, a cytotoxin secreted byAspergillus restrictus. Mass spectroscopic analysis of the purified allergen revealed a molecular size of 17.01 kDa. Immunoreactivity of the purified
allergen with monoclonal antibodies and specific IgG and IgE antibodies of the patients of aspergillosis confirmed that this
protein is Asp fl. 相似文献
19.
《Electronic Journal of Biotechnology》2014,17(3):137-147
BackgroundADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase) is a rate-limiting enzyme catalyzing the first step in the starch biosynthesis pathway in higher plants. To date, there are no reported variants or isoforms of the AGPase enzyme in bananas (Musa spp. family Musaceae) as is the case of other plants. In this study, genomic DNA sequences homologous to the gene encoding one of the large subunits of the enzyme were amplified from 10 accessions of the genus Musa, including representatives of wild ancestors (AA and BB genomes), dessert bananas (AA, AAA, AB and AAB genomes), plantains (AAB genome) and cooking bananas (ABB and AAA genomes), and studied in order to find single nucleotide polymorphisms (SNP) base variations in Musa accessions.ResultsIn the 810-base pair amplicons of the AGPase large sub-unit (LSU) gene analyzed in ten Musa accessions, a total of 36 SNPs and insertions/deletions (indels) were found. The phylogenetic analysis revealed fifteen distinct haplotypes, which were grouped into four variants. Deep examination of SNPs in the 2nd exon in the LSU of AGPase showed that at seven locations, five SNPs altered their amino acid sequence.ConclusionsThis work reveals the possible number of AGPase enzyme isoforms and their molecular levels in banana. Molecular markers could be designed from SNPs present in these banana accessions. This information could be useful for the development of SNP-based molecular markers for Musa germplasm, and alteration of the allosteric properties of AGPase to increase the starch content and manipulate the starch quality of banana fruits. 相似文献