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新冠病毒德尔塔变异株制造的麻烦还未消停,又传来新的变异病毒株—缪变异株(Mu, B.1.621)在某些国家和地区广泛传播的消息.该变异株最早是在哥伦比亚出现的.迄今,在全球记录了超过4500个缪毒株序列(包括3794个B.1.621序列,856个B.1.621.1序列).其中,美国报告的缪变异株感染病例数远超其他国家.不过,目前德尔塔变异株还是全球主要的感染病毒,在美国8月底的测序中,德尔塔变异株感染的病例占99％以上. 相似文献
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由于大豆种子具有高油高蛋白,且可与土壤微生物共生进行生物固氮的特性,大豆已成为最重要的农作物品种之一。大规模的收集全长c DNA对于基因组序列的准确注释和基因及其产物的功能分析是十分必要的。我们用不同发育阶段和环境条件下的大豆构建了全长c DNA文库,并从中获得了总共39,936个大豆c DNA克隆。分别从每个克隆的5’端和3’端进行测序后,共得到68,661个表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)。这些EST序列被聚类成包含2580个全长序列的22674个长片段。此外,我们对4712个全长c DNA进行了测序。去除重叠后,我们目前共得到6570条新的大豆c DNA序列。我们的数据表明87.7%的大豆c DNA克隆包含除5’-UTR和3’-UTR的完整编码区序列。已有数据证明我们测得的全长c DNA覆盖了大量不同种类的基因。通过将大豆序列与拟南芥、水稻和其他豆科植物数据进行对比分析后发现,我们的结果中包含一些特异基因,并且其中很大一部分经注释后发现存在未知功能。本研究报道的这组大豆全长c DNA克隆,将为大豆基因发掘提供有用的资源,并有助于大豆基因组的精确注释。 相似文献
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生物信息学数据库--日本DDBJ数据库及其检索应用 总被引：2，自引：0，他引：2
介绍了世界三大核酸序列数据库之一的DDBJ数据库及其检索应用，内客涉及数据提交、数据分析及数据检索．如setentrv、SRS、Sfgate ＆ WAIS、TXSearch等四种软件的登录号检索、关键词及分类检索的特点、使用与技巧等。 相似文献
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北碚的周先生发现山城<重庆地理>初一西师版教材有多处明显错误.周先生把发现的错误写下来挂到博客上.并于当日下午,他已经将这些"失误"通过重庆公众信息网市长信箱提交到市教委. 相似文献
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根据鸡白细胞介素18（IL-18）cDNA基因序列设计了1对特异性引物，应用RT-PCR技术，从脂多糖（lipopolysaccharide，LPS）刺激的我国地方品种萧山鸡原代鸡脾细胞中扩增并克隆鸡IL-18全长基因（Genbank accession，AY628648）。扩增片段全长591bp，共编码197个氨基酸的前体蛋白，其中含有表达完整功能蛋白所必需的起始密码子和终止密码子。该序列与国外报道的鸡IL-18全长基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性为98．99％。只在引导序列中出现两个氨基酸残基的缺失，分子进化分析表明萧山鸡IL-18基因与火鸡以及家鸭基因形成一个独立的分支。将萧山鸡IL-18成熟蛋白序列插入pGEX-4T-2载体并在Ecoli中得到表达，获得45kD的GST-IL-18融合蛋白。经纯化后用于制备多克隆抗体。本研究对萧山鸡白细胞介素18的全长基因进行了克隆及表达，并对其分子进化进行了分析。为深入研究其功能奠定了基础。 相似文献
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为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析.结果显示:S8由1328 bp构成,具有一个编码390个氨基酸残基的开放阅读框;在BmCPV1-SZ S8的编码氨基酸序列与BmCPV1-I和BmCPV1-H的一致性达93%,但与其他非CPV1型的相似程度较低;在推导的蛋白的氨基酸序列中间区域;具有E-丰富和P-丰富的区,域,其局部区域的氨基酸序列与某些蛋白的功能(细胞周期控制、蛋白降解和RNA降解)区域的序列具有一定的相似性;结构域家族分析显示,BmCPV1-SZ S8编码蛋白属GcrA家族,具有与DNA结合的HTH结构域.Blocks分析显示,S8编码蛋白同时具有DNA聚合酶家族、RNA聚合酶2的结构功能域;高级结构分类显示,S8编码蛋白具有与TIM桶酶、肽酶、核苷三磷酸水解酶相似的同源结构.推测该蛋白具有转录调控因子和多功能酶的功能.基于S8编码的氨基酸序列的进化分析显示,相同类型的CPV聚为一类,同一宿主不同类型的CPV相距较远,推测CPV主要根据其类型聚类,而宿主昆虫对聚类的影响相对较小. 相似文献
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禽流感专家认为，H5N1禽流感病毒株——在亚洲地区已从鸟类转移到许多人身上——在下一次广泛流行时会不可避免地产生变异，以适应于在人群之间传播。要是那样，首次的局部爆发很快就会席卷全球。如果这个疾病沿袭以前的大流行模式，那么全世界三分之一的将会感染禽流感病毒，并且其中1％人口可能死于禽流感。换句话说，除非病毒变异能被拖延到足够长时间以使受害国获得疫苗产品和抗病毒药物，否则这种灾难将不可避免。 相似文献
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为研究斜纹夜蛾核型多角体病毒（Spodoptera litura muhicapsid nucleopolyhedrovirus．SpltMNPV）侵染规律,根据SphMNPV中国株（G2）ORF135基因序列设计引物,经PCR扩增,从SpltMNPV日本株（B）基因组中克隆了pif-2基因。核苷酸序列分析表明,该基因是甜菜夜蛾核型多角体病毒（Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus,SeMNPV）pif-2的同源物,读码框含1278bp,编码425个氨基酸的蛋白质,推定分子量为48．6kD。与其他杆状病毒的同源物比对显示．SpltMNPV-JP-B PIF-2蛋白中14个Cys残基高度保守。联配分析表明,SphMNPV-JP-B pif-2的核苷酸序列与其他13种核型多角体病毒的同源性有较大差异。将pif-2克隆至原核表达载体pET32a（＋）,经IPTG诱导后在大肠杆菌BL21中获得了融合表达,SDS-PAGE分析表明在约69kD处有特异性表达条带,经Western blot验证该蛋白即为融合表达的目的蛋白。 相似文献
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目的：对贵州桐梓天花粉rDNA ITS序列（包括ITS1、5．8S和ITS2）进行序列测定与分析,为其基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法：采取改良CTAB法提取天花粉总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,在GeneBank将测序结果进行同源搜索,再将同源序列用MEGA5．1软件进行变异位点分析、遗传距离测定及同属植物ITS序列系统发育树的构建。结果：贵州桐梓天花粉ITS序列与GeneBank三组同源序列存在变异位,点107个、遗传距离范围在0．0252到0．0597之间、物种间亲缘存在较明显的远近关系。结论：ITS序列可以有效地鉴别贵州桐梓天花粉,ITS序列分析技术对近缘种类群间系统学研究及品种鉴定具有较大的意义,同时为进一步利用分子生物学技术鉴定中药材奠定了基础。 相似文献
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从杭州地区有纹枯病症状的水稻植株上采集分离到一株编号为HZ11的病原真菌菌丝形态与水稻纹枯病菌（Rhizoctonia solani）相似,但其菌核形态与丝核菌属真菌有明显差异。由此对该菌株进行了形态学、18S rDNA和ITS序列分析的鉴定。ITS序列分析表明该菌株与嗜水小核菌（Sclerotium hy-drophilure Sacc）有99%的同源性,18S rDNA序列则与许多丝核菌属（Rhizoctonia）序列最大同源性达99%。根据综合分析,推断菌株HZ11为嗜水小核菌（S. hydrophilure）,并建议将嗜水小核菌归属于丝核菌属。这是第一次报道侵染水稻的嗜水小核菌并向NCBI提供了第一条该菌的18S rDNA序列。 相似文献
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目的:评价副溶血性弧菌经多次传代培养后,对脉冲场凝胶电泳所获得的指纹图谱存在的影响。方法:将从腹泻患者粪便分离到的两株副溶血性弧菌复苏,进行生化鉴定,血清诊断等表型分析;用3%NaCl碱性蛋白胨水进行连续传代35代,每代次菌株用含3%NaCl TSA划线培养,收集3%NaCl TSA过夜培养物进行多位点序列分析,用NotI限制性内酶切进行脉冲场凝胶电泳分型。通过生物信息学方法模拟PFGE分析标准株Not I酶切片段大小。结果:复苏的菌株确定为副溶血性弧菌,经连续传35代后,各代次的基因指纹图谱总体上呈现较稳定的型别,但在个别代次中会出现细微差异而后会恢复;传代对多位点序列分析没有影响。结论:传代对某些菌型的副溶血性弧菌的多位点序列分析和脉冲场凝胶电泳基因指纹图谱影响不大;脉冲场凝胶电泳可以对副溶血性弧菌菌株进行溯源。 相似文献
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利用脂肪酸组成分析鉴定海洋细菌的初步研究 总被引：3，自引：0，他引：3
报道了利用脂肪酸组成分析鉴定海洋细菌的初步研究结果。以16S rRNA鉴定的9株具生物活性的海洋细菌为研究对象,标准条件培养后测定其脂肪酸组成和含量,同时参照Ivanova和Venkateswaran等研究的5株Pseudoalteromonas属海洋细菌的脂肪酸测定结果(培养条件与本实验一致),通过SPSS软件对这些细菌进行脂肪酸聚类分析,并与它们的16S rRNA序列聚类分析(运用ClustalX软件)进行比较。结果表明脂肪酸组成可以作为海洋细菌鉴定到属的依据之一,但仅依靠脂肪酸将海洋细菌不能鉴定到种。 相似文献
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水文序列变异的差积曲线－秩检验联合识别法在闽江流域的应用 总被引：6，自引：1，他引：5
针对水文序列变异点初步识别时常用的统计方法假设较多、公式复杂及运算繁琐等方面的不足,本文提出通过差积曲线进行变异点的初步识别,并应用秩检验法进行精确识别的差积曲线-秩检验联合识别法,以闽江流域竹岐站1936年～2004年近70年径流序列为例应用该方法进行变异点的识别,研究结果表明:闽江竹岐站年径流序列的变异点在1954年,变异前后的均值分别为1967m3/s、1653m3/s,Gv值分别是0.16和0.24.变化非常明显.在此基础上,从气候变化等自然条件和人类活动两方面分析变异点的物理成因,显示区域降雨、气温等气候变化和森林植被的破坏等人类活动导致了该径流序列在1954年发生变异.该识别方法只需少许假设,方法相对简单、方便且比较直观. 相似文献
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水文过程变异点的识别与分析是近十几年来比较热点的问题之一,为准确识别黑河流域水文过程变异点,本文采用黑河流域莺落峡水文站1947年-2006年年径流序列资料,运用差积曲线-秩检验联合法来识别黑河流域水文过程变异点,并结合Brown-Forsythe法、有序聚类法、滑动F检验法来验证变异点的准确性,应用SPSS统计软件分析水文变异点前后数据变化特征。结果表明：黑河流域莺落峡水文站水文过程变异点为1959年和1979年,水文序列变化分为三个阶段,各阶段均值分别相差1.25亿m3、1.89亿m3。标准差值、变差系数值和偏差系数值变化显著,河流水文序列的趋势性和突变性特征反映了自然条件和人类活动对河流天然状态的水文序列产生了显著的影响。 相似文献
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日益增加的厨余垃圾严重影响着城镇环境,为获得用于家庭厨余垃圾微生物降解原位消除技术的功能菌株,本文通过溶菌圈和菌落直径观察以及胞外酶活性测定,证明本实验室分离、保藏的一株丝状真菌No.1对蛋白质、淀粉具有很强的降解能力并能有效降解纤维素和脂肪;通过18S rDNA的PCR扩增和序列测定,并与GenBank中核酸数据比对分析,表明该菌株与Actinomucor elegans(AY243955)同源性达99%,故将其鉴定为雅致放射毛霉(Actinomucor elegans sp.). 相似文献
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利用同源克隆的方法,从商陆中克隆得到扩展蛋白基因的全长cDNA序列,命名为PaEXP1(GenBank 登录号为GQ851947).PaEXP1长1128bp,含有759bp的完整开放阅读框,编码252个氨基酸,分子量27.1kD,等电点8.55.PaEXP1氨基酸序列N端含有8个半胱氨酸残基,1个组氨酸(His-Phe-Asp,HFD)域,C末端存在4个保守的色氨酸残基,具有扩展蛋白的典型结构.系统进化树分析表明,PaEXP1属于扩展蛋白的α-扩展蛋白家族.Real time-PCR结果表明,PaEXP1主要在根中表达,低温、盐、重金属和渗透胁迫均强烈地抑制其基因的表达.酵母转化实验表明,转PaEXP1可以提高酵母的平均直径,说明PaEXP1参与细胞壁的松弛扩展和细胞的增大过程. 相似文献
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研究了红水河野生鳙Aristichthys nobilis上游、中游和下游3个群体29个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为823bp和1090 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了15个单倍型,存在17个多态位点,发生转换4次,插入/缺失13次。Cyt b序列共定义了5个单倍型,存在7个多态性位点,发生转换2次,插入/缺失5次。两序列分析结果表明,群体间和群体内遗传距离较小,遗传变异的分子变异等级不显著。上、中、下游均有共享单倍型,3个群体间遗传分化不大。 相似文献